haploview导入数据的格式.docxVIP

不要haploview在线生成的那种，这个我也会。 谁能发个从excel text ped到input的图呢 我做过一些病例对照研究，下面的截图是基本的输入格式, 你可以参照一下: 我做过一些病例对照研究，下面的截图是基本的输入格式, 换成text文本 你可以参照一下：从exce l转 我做过一些病例对照研究，下面的截图是基本的输入格式, 你可以参照一下: 我做过一些病例对照研究，下面的截图是基本的输入格式，你可以参照一下: 我做过一些病例对照研究，下面的截图是基本的输入格式，你可以参照一下: 缺失的基因型怎么表示，没缺失的怎么表示 Haploview需要导入数据的格式（linkage格式） Haploview的第一个主界面的l inkage格式需要输入两个文件，点击左 侧的Linkage Fofmat就会看到有两个导入文件的地方，一个是Data File，另一个是Locus Information File。下面详细的介绍一下这两 个数据的格式，我们以Haploview自带的数据文件为例。在haploview 安装的目录下（一般为C:\Program Files\HaploView）有两个数据文 件：（1）（2）。 具体就是Data File处导入文件，Locus Information File处导入数据。当然两个文件的扩展名你可以自己随 意的起，Haploview有一个默认关联，即：如果你的两文件主要名称一 样（比如chrom），扩展名分别为ped和info，则只要导入ped文 件，haploview会自动导入info文件。 下面以和为例介绍一下Data File和Locus Information File需要输 入文件格式。 一、Data File需输入文件格式 Data File处应当导入的文件格式同显示的一样，下面列出文件 文件部分内容： TOC \o 1-5 \h \z IBD054 430 0 0 1 0 1 3 3 1 4 1 IBD054 412 430 431 2 2 1 3 1 3 4 IBD054 431 0 0 2 0 3 3 3 3 1 1 IBD058 438 0 0 1 0 3 3 3 3 1 1 IBD058 470 438 444 2 2 3 3 3 3 1 IBD058 444 0 0 2 0 3 3 3 3 1 1 IBD069 543 0 0 1 0 3 3 3 3 1 1 IBD069 516 543 513 1 2 3 3 3 3 1 IBD069 513 0 0 2 0 3 3 3 3 1 1 IBD076 573 0 0 1 0 0 0 3 1 4 1 IBD076 565 573 574 1 2 0 0 3 3 1 IBD076 574 0 0 2 0 0 0 3 3 1 1 IBD092 1011 0 0 1 0 3 3 3 3 1 1 IBD092 639 1011 641 1 2 3 3 3 3 1 在这个文件中，每一行代表一个样本个体，前六列是表头，从第七列 开始每2列代表一个SNP位点（当然这个SNP位点叫什么，在那条染色 体上，Haploview用另一个文件给出，比如这个文件对应的SNP描述的 信息在中）。有多少个位点后面就是位点数的2倍的列数。文件的总列 数为 总列数二6+2*位点数 下面具体解释一下每一列： 1、 第一列：代表的是家系的ID,如果你做的是家系的研究，那么你的数 据家系的编号应该放到第一位。如果你分析的是无关个体，则第一列 不能用同一个ID,建议用自然序号1,2,3….来替代。 2、 第二列表示个体的ID,就是你研究的所有个体的编号。在同一个家系 内不可以重复，不同的家系间可以重复。如果做无关个体的研究则每 个个体的编号不能重复。 3、 第三列和第四列代表同第二列个体之间的家系关系，第三列代表父亲 的ID，第四列代表母亲的ID，如果个体的父亲、母亲中某一个没有测 到样本的话，则标记为0,如果你做无关个体的研究，则第三列，第四 列都赋值为0。 例：一个核心家系的数据，来自于文件的前三行 TOC \o 1-5 \h \z IBD054 430 0 0 1 0 1 3 3 1 4 1 IBD054 412 430 431 2 2 1 3 1 3 4 1 IBD054 431 0 0 2 0 3 3 3 3 1 1 表示家系编号为IBD054，这个家系中有三个个体430,412，和431。第 一个个体430的父亲的信息没有检测到，所以第一行第三列用0表 示，他的母亲的信息也没测到，所以第一行第四列用0表示。第二个 个体412的父亲为430,母亲为431,所以第二行第三列为430,第二 行第四列为431。.第三个个体431的父亲的信息没有检测到，所