核酸序列分析.pptVIP

关于核酸序列分析; 一、分子质量、碱基组成、碱基分布 二、序列变换 三、限制性酶切分析 ;一、核酸测序中载体序列的识别与去除 1、利用NCBI的数据库 许多数据库中收集了常用的测序载体序列。如果用户面对的是大批量序列的分析任务，则需要将这些载体数据库下载后进行分析。使用Blast程序对此类数据库进行相似性分析即可得知目的序列中是否含有载体序列。（)。如果是，那么在对测序数据进行进一步分析之前必须将载体序列去除。(Example);2、利用SequencherTM软件 美国基因编码公司（Gene Codes Corp.)所开发的SequencherTM软件在识别载体序列方面具有很强的功能。SequencherTM软件被多个公司用于测序数据的分析和管理。该公司同时提供该软件的演示版，可通过访问其网址获得（）。;第五页，共八十页，2022年，8月28日;第六页，共八十页，2022年，8月28日;第七页，共八十页，2022年，8月28日;第八页，共八十页，2022年，8月28日;第九页，共八十页，2022年，8月28日;3、其他人工序列的分析与去除测序克隆中往往也含有来自于宿主菌核酸序列的污染，或者目的克隆的确来自于该宿主菌。这两种情况均可通过BlastN软件直接对GenBank或EMBL数据库进行相似性分析进行判断。显然任何与大肠杆菌和酿酒酵母的序列具有高度一致性的序列必须慎重对待。 一些生物如大肠杆菌含有可移动的遗传物质如插入序列。在进行克隆构建以便测序的过程中，这些序列有时会插入到所构建的克隆，导致目的序列测序的干扰。BlastN程序可以很方便地鉴定此类结果。如果是这样的话，此类序列则值得怀疑。;二、核酸序列的电子延伸;同时，很多实验室采用差异显示PCR（different display PCR,DD-PCR）、代表性差异分析（representational difference analysis,RDA）等技术发现了大量具有潜在应用价值的新基因片段，也同时面临着全长cDNA序列难以获得的问题。在实验方面，或者通过筛选cDNA文库，或者通过RACE实验等去获得新基因的全长cDNA序列，均需要投入较大的精力。;而在另一方面，公共数据库如GenBank/EMBL已经拥有了大量的表达序列标签（）。这些EST序列在很多时候和研究者所感兴趣的基因序列相重叠，可能代表了同一条 cDNA序??。因而，从生物信息学的原理出发，基于公共数据库中的EST序列或者较长cDNA序列对新获得的EST序列进行电子延伸，就成为很多研究者关注的焦点。;这一方案实际上来自于最初的克隆测序过程。例如，在对一个长为1.5kb的序列进行测序过程中，如果每次测序只能获得500bp的有效序列，则至少需进行4次测序，而且所有测序结果的末端必须相互重叠，以便根据末端重叠序列将该4次测序所获得的序列片段进行组装，才能获得全长序列。;2、基本过程 （1）将待分析的核酸序列（称为种子序列）采用Blast软件搜索GenBank的EST数据库，选择与种子序列具有较高同源性的EST序列（一般要求在重叠40个碱基范围内有95%以上有同源性）（称为匹配序列） （2）将匹配序列和种子序列装配产生新生序列，此过程称为片段重叠群分析（contig analysis） （3）然后再以此新生序列作为种子序列重复上述过程，直至没有新的匹配序列入选，从而生成最后的新生序列，作为对种子序列的延伸产物。;3、利用UniGene数据库进行电子延伸;第十七页，共八十页，2022年，8月28日;第十八页，共八十页，2022年，8月28日;第十九页，共八十页，2022年，8月28日;第二十页，共八十页，2022年，8月28日;第二十一页，共八十页，2022年，8月28日;4、存在的不足 无法直接通过此种方法获得多种剪切形式之间的差异，真正的cDNA序列还需通过对延伸后的序列设计全长引物，经过反转录PCR（RT-PCR）即可证实是否对原序列的有效延伸。;三、基因的电子表达谱分析;四、核酸序列的电子基因定位分析;五、cDNA对应的基因组序列分析;1、通过从NCBI查询全部基因组数据库进行序列的分析 联网至可直接对已经公布的基因组序列进行查询。 2、通过从Sanger中心查询全部基因组数据库进行序列的分析 ;六、基于核酸序列对齐分析的功能预测;七、可读框架分析;第二十九页，共八十页，2022年，8月28日;第三十页，共八十页，2022年，8月28日;第三十一页，共八十页，2022年，8月28日;第三十二页，共八十页，2022年，8月28日;八、基因组序列中的编码区/内含子结构分析;GT-AG法则：几乎在所有高等真核生物基因中每个内含子5′端起始的两个碱基都是GT，3′端最后两个碱基总是AG。 目前最好并最流行的软件是