蛋白质工程课件.pptxVIP

蛋白质分子设计;蛋白质分子设计;蛋白质分子的特殊性;蛋白质工程与蛋白质设计;第一节 基于天然蛋白质结构的分子设计 ; 计算机模拟;蛋白质分子设计大致涉及的几个重要方面;蛋白质分子设计大致涉及的几个重要方面;蛋白质三维结构知识的必要性;设计目标及解决办法; 设计目标;二、蛋白质设计原理 ;④ 疏水及亲水基团需要合理地分布在溶剂可及表面及不可及表面。 ⑤ 在金属蛋白中，配位残基的替换要满足金属配位几何。 ⑥ 对于金属蛋白，围绕金属中心的第二壳层中的相互作用是重要的。 ⑦ 最优的氨基酸侧链几何排列。 ⑧ 结构及功能的专一性。形成独特的结构，独特的分子间相互作用是生物相互作用及反应的标志。实践表明这是蛋白质设计最困难的问题。;三、蛋白质设计中的结构－功能关系研究;定位突变种类;突变蛋白质结构的评估;结构与功能的容忍度;四. 天然蛋白质的剪裁;第二节 全新蛋白质设计;蛋白质的全新设计内容;一、 蛋白质结构的从头设计 二级结构模块单元的自组装 配体诱导组装 通过共价交叉连接实现肽的自组装： -S-S-；DAB 在合成模板上的肽自组装 线性多肽折叠为球状结构 基于组合库的全新蛋白质设计; 二、蛋白质功能的全新设计;蛋白质的功能设计;第三节 计算蛋白质设计;二、蛋白质的功能设计;Introduction to Structural Biology: prediction, engineering, and design of protein structures ;Proteins can be made more stable by engineering;T4 lysozyme;T4 lysozyme (contd.);Tm (the melting temperature);Thermodynamic parameters obtained from DSC measurements;Determination of ?H and ?S from DSC;Thermal denaturation of a protein;Three methods to engineer a more thermostable protein than wildtype T4 lysozyme;Disulfide bridges increase protein stability;Disulfide bridges increase protein stability (contd.);Disulfide bridges increase protein stability (contd.);Disulfide bridges increase protein stability (contd.);Glycine and proline have opposite effects on stability;Glycine and proline have opposite effects on stability (contd.);Glycine and proline have opposite effects on stability (contd.);Stabilizing the dipoles of ? helices increases stability;Stabilizing the dipoles of ? helices increases stability (contd.);Stabilizing the dipoles of ? helices increases stability (contd.);Mutations that fill cavities in hydrophobic cores do not stabilize T4 lysozyme, although they may stabilize other proteins;Mutations that fill cavities in hydrophobic cores do not stabilize T4 lysozyme, although they may stabilize other proteins (contd.);Proteins can be engineered by combinatorial methods;Proteins can be engineered by combinatorial methods (contd.);Methods of generating combinatorial DNA libraries;Methods of generating combinatorial