简并引物设计方法.docxVIP

【心得】简并引物设计方法（实际操作步骤）自己做过一些简并引物，现将我采用生物信息学资源设计简并引物的各个步骤作一个总结, 各位战友可将各自的心得体会写下，以便大家沟通！！！ 一、采用ncbi搜寻不同物种中同一目的基因的蛋白或cDNA编码的氨基酸序列由于密码子的关系，不同的核酸序列可能表达的氨基酸序列是相同的，所以氨基酸序列才是 真正保守的。首先采用NCBI的Entrez检索系统，查找到一条相关序列即可。随后采用这 一序列使用BLASTp（通过蛋白查蛋白），在整个Nr数据库中中查找与之相像的氨基酸序列。 二、对所找到的序列进行多序列比对 将搜寻到的同一基因的不同氨基酸序列进行多序列比对，可选工具有Clustal W,也可在线 分析［urlH/u川http:〃。其结果入下图所示，全部序列的共有部分将会 显示出来。…表示保守，表示次保守。 （缩略图，点击图片链接看原图）三、确定合适的保守区域 设计简并引物至少需要上下游各有一个保守区域，且两个保守区域相距50?400个aa为 宜，使得per产物在150~1200bp之间，最重要的是每一个保守区域至少有6个aa残基， 由于每条引物至少18bp左右。若比对结果保守性不是很强很可能找不到6个aa的保守区 域，这时可以依据物种的亲缘关系，选择亲缘相近的物种进行二次比对，若保守性仍达不到 要求，则需进行三次比对。总之，毕竟要选多少序列来比对，要依据