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功能材料在蛋白质组研究中的应用进展 蛋白质组学研究器官、组织或细胞内所有蛋白质及其动态变化规律,本质上是在大规模水平上、从整体角度研究蛋白质的特征、动态变化、表达水平、翻译后修饰以及蛋白质与蛋白质的相互作用等的一门科学。而从组学层面对蛋白质进行研究,仍受多种因素的限制,例如不同蛋白质表达量差异巨大、翻译后修饰的官能团种类繁多、动态范围广及蛋白质本身的空间结构复杂等[2],因此,在表达谱的深度覆盖、翻译后修饰的准确鉴定及蛋白质组的定量等方面,现在的蛋白质组学技术还存在很多缺陷。为此,近年来,研究者们尝试将各种功能材料应用到蛋白质组学分析中,对样品预处理的分离技术进行优化,从而达到高灵敏度鉴定,高准确性分析,高通量表达,精确测量生物样本中蛋白质表达量变化的目的。本文对功能材料的介绍主要从应用于蛋白质酶切的功能材料、用于转录因子富集的功能材料、用于翻译后修饰蛋白质组研究的功能材料以及蛋白质组定量研究的功能材料这四个方面进行综述,并对功能材料在蛋白质组学方法研究中的应用进展予以展望,可为功能材料在蛋白质组学方法研究中的应用提供参考。 1 功能材料在蛋白质酶切中的应用 目前,基于生物质谱的“bottom-up”研究策略是蛋白质组学研究的最常用手段,在此策略下,蛋白质先被酶切成肽段,再进行质谱分析,根据谱图分析结果,对蛋白质进行定量定性分析[3]。因此,酶切是基于质谱蛋白质组分分析的关键步骤,而传统溶液酶切时间较长、酶切效率低,并且存在自切现象,影响了蛋白质组学的深度覆盖研究,而固定化酶技术由于可以大幅度提高酶解速度,增加酶活性和稳定性,避免蛋白酶自切片段的产生而改善谱图质量,并可反复使用,得到了广泛关注[4]。固定化酶是在一定的空间范围内起催化作用,并能反复和连续使用的酶。在固定化酶技术中,载体材料上的活性基团、微环境、载体的形状等因素,会影响载体与酶的亲和力,影响固定化酶活力、稳定性、重复使用性及可回收性[5]。所以对载体材料的研究也变得至关重要。 磁性纳米材料具有比表面积大、可增强酶活性和稳定性、磁响应性强、易在表面修饰多种功能基团等优点,是固定化酶常用的载体材料,用于蛋白质组学方法的研发中以应对蛋白质组研究面临的各种挑战[6]。酶切是蛋白质分析方法中的关键步骤之一,为了解决蛋白质组分析中快速、完全酶切的问题,杨屹课题组[7]建立了一种新型固定化酶反应器,利用磁性纳米粒子作为固定化酶载体,通过DNA定向固定化技术成功地固定碱性磷酸酶(ALP),并利用DNA链置换反应将胰蛋白酶(trypsin)在温和条件下置换ALP,从而将胰蛋白酶固定化,实现了酶的替换。实验表明,该固定化酶反应器具有较好的选择性和较高的酶切效率,重复使用10次仍可保持原酶活性的86%。该反应器具有高磁响应性,便于回收固定酶和重复使用,节约实验成本,可将其广泛应用于各种酶促反应中。吕永琴等[8]制备了一种可重复使用的酶固定化载体AuNP@Fe3O4纳米颗粒,该载体由涂覆一层金纳米颗粒(AuP)的磁性Fe3O4纳米颗粒组成,金纳米颗粒充当中间配体,然后将胰蛋白酶可逆地固定在该载体上。实验结果表明,基于该载体材料的固定化胰蛋白酶反应器可以在15 min内实现标准蛋白质的完全酶切,还可以在蛋白质酶切后,利用磁铁对纳米材料进行回收重复使用。李笑迎等[9,10]还利用孔径介于2～50 nm的一类介孔材料具有较高的载酶量、较大的比表面积、可调节孔径、良好的化学稳定性等优点,对其在固定脂肪酶中的应用进行了研究,他们先以三乙烯四胺为固化剂,在聚乙二醇介质中通过环氧树脂聚合反应诱导相分离制备出环氧树脂大孔聚合物,再以制备好的环氧树脂大孔聚合物为模板,制得了毫米级尺寸的大孔/介孔多级孔SiO2材料。这种材料是由连续SiO2纳米薄膜构建的,不仅具有三维连续贯通的大孔孔道,而且孔壁上存在大量介孔,能有效提高酶活性,增加载酶量,能使固定化酶易从体系中分离和重复使用,操作过程简单且固定化成本降低,是固定化酶的优良载体。Singer等[11]制备了具有大孔的功能化介孔二氧化硅纳米粒子材料(LP-MSN),并通过铜催化的1,3-偶极环加成反应,将两种不同的乙炔功能化酶(sp-碳酸酐酶和sp-辣根过氧化物酶)固定在获得的LP-MSN材料的孔中。合成的LP-MSN尺寸范围约为100 nm,有大至12 nm的孔径,成为活跃的、稳定的、可重复使用的酶-二氧化硅系统,可在几个循环的活性测定期间中保持高活性。钱小红课题组[12]利用温敏聚合物对外界温度具有响应能力的性能,制备了一种新型的基于可溶性温敏聚合物的固定化胰酶反应器,即将N-丙烯酰甘氨酰胺(NAGA)作为温度响应基团,合成了具有最高临界溶解温度响应能力的N-丙烯酰甘氨酰胺共聚十一烯醛(poly(NAGA-co-UnAl))温敏聚合物,再将该温敏聚合物作