人工饲养和野生大壁虎(Gekko+gecko)肠道菌群多样性的研究.pdf

目 录 摘要I Abstract III 目录VI 第1 章绪论 1 1.1 肠道菌群的概述 1 1.2 肠道菌群的研究方法 1 1.3 肠道菌群的作用 2 1.3.1 为宿主提供营养和提高代谢率 3 1.3.2 增强免疫力 3 1.3.3 肠道菌群失衡引起疾病 3 1.4 影响肠道菌群的因素 4 1.4.1 宿主特征 4 1.4.2 食物和环境 4 1.4.3 禁食行为 4 1.5 爬行动物肠道菌群的研究进展 5 1.6 大壁虎研究现状 6 1.7 研究内容及意义 7 第2 章材料与方法 8 2.1 研究对象及地点 8 2.2 样品采集与保存方法 9 2.3 DNA 提取和检测 10 2.3.1 DNA 提取 10 2.3.2 DNA 检测 10 2.4 PCR 扩增及产物鉴定、纯化及定量 10 2.4.1 PCR 扩增 10 2.4.2 PCR 产物鉴定、纯化及定量 11 2.5 构建PE 文库及Illumina 测序 11 2.6 数据处理和分析 11 2.6.1 数据优化 11 2.6.2 OTU （Operational Taxonomic Units ）聚类分析 11 2.6.3 Alpha 多样性分析 12 2.6.4 物种组成分析 12 VI 2.6.5 Beta 多样性分析 12 2.6.6 PICRUSt 功能预测分析 12 2.6.7 统计分析 13 第3 章研究结果 15 3.1 测序结果 15 3.2 Alpha 多样性差异分析 18 3.3 物种组成及差异分析 21 3.3.1 物种组成分析 21 3.3.2 物种差异分析 26 3.4 Beta 多样性及差异分析 32 3.5 PICRUSt 功能预测及差异分析 33 第4 章讨论 37 4.1 大壁虎肠道菌群结构特征 37 4.2 人工饲养和野生大壁虎肠道菌群的比较 38 4.2.1 Alpha 多样性分析 38 4.2.2 组间物种差异分析 38 第5 章总结与展望 42 5.1 总结 42 5.2 展望 42 参考文献 43 附录 54 攻读硕士学位期间论文发表情况 112 致谢 论文独创性声明 论文使用授权声明 VII 第1 章绪论 1.1 肠道菌群的概述 肠道对动物机体的消化和吸收起着重要作用，与动物体共生且定殖于肠道中构 [1-2] 成的大量微生物群体被统称为肠道菌群 。肠道菌群的组成和活性贯穿机体的生活 [3-5] 史，与宿主共生、密不可分 。肠道菌群经长时间演化与宿主共同维持肠道内微生 [6-7] 态系统的动态平衡 。研究认为，动物出生前其肠道内并无微生物。例如，在人类 肠道菌群的研究中，研究人员最早发现肠道内存