生物信息学进展教学：合成生物学与基因回路.pptxVIP

合成生物学与基因回路Synthetic Biology and Genetic Circuits;第二页，共一百一十页。;一. 什么是合成生物学;何时出现合成生物学这一名字？;Nature Biotechnology, 27(12), 2009Focus on Synthetic Biology;Nature Reviews, 10(6), 2009; ● 维基百科：合成生物学旨在设计和构建工程化的生物系统，使其能够处理信息、操作化合物、制造材料、生产能源、提供食物、保持和增强人类的健康和改善我们的环境。 ● 简单地说，合成生物学是通过设计和构建自然界中不存在的人工生物系统来解决能源、材料、健康和环保等问题。 ;合成生物学的定义;1998; 2004年被美国MIT出版的《Technology Review》评为将改变世界的10大新出现的技术之一(10 Emerging Technologies That Will Change Your World)。;DNA是生物的遗传物质;于1990年正式启动,于2003年4月14日完成了人类基因组全部序列测定;A C G T;为了整理和分析这些序列信息，诞生了一门新兴的交叉学科—生物信息学(Bioinformatics)是合成生物学的学科基础之一。;细胞: 奇异绝妙的小工厂;系统生物学研究细胞对外界环境变化或刺激在各个层次上如何做相应的变更, 并建立数学模型对总体应答作出预测.;Systems biology as a foundation for genome-scale synthetic biology;基因组超大量的序列和结构数据 ? 重大的生物技术;合成生物学发生与发展的学科基础;合成生物学的发展过程;1979年H. G. Khorana合成了酪氨酸阻遏tRNA基因（207bp）； 2002年纽约州立大学石溪分校魏玛（E.Wimmer）小组用了3年的时间合成出了脊髓灰质炎病毒（Poliovirus）的全基因组，7500bp。 2003年，J. C. Venter 研究小组用了14天时间从头合成了噬菌体Phi X174（5386 bp）基因组。 2004年，人工合成了1918年造成全世界上千万人死亡的“西班牙流感病毒”。 2008年J. C. Venter小组又合成了Mycoplasma genitalium生殖道支原体基因组（582790kb），这是迄今为止人类在合成生物过程中走得最远的一步。 J. C. Venter小组?的另外一项工作却获得了成功：不久前将关系较近的两株支原体中一株的基因组用另外一株的基因组替换，结果仍能正常“工作”。;合成生物学的研究内容;二. 合成生物学的研究方法基因回路（Genetic Circuits）设计;合成生物学领域??大目标： 一、有别于以往拆解生命体的方式，它是通过合成来理解生命。 二、将遗传工程所使用的元件标准化，使其能与现有系统相结合，创造出更多、功能更复杂的系统。 三、将电子工程领域的系统设计理论应用到生物系统，重组DNA基因工程，产生真正可由程序控制的生物，设计生物计算机。;基因回路设计流程;基因回路设计流程;特定的信使RNA（mRNA）的分子的浓度代表一个逻辑信号。左图，输入的mRNA是缺失，则细胞转录基因输出mRNA。右图，输入的mRNA存在，细胞把此mRNA翻译成输入蛋白，此蛋白与基因上的启动子相结合，阻止细胞合成mRNA输出。;利用原核生物基因调控模组模拟电子工程逻辑门。上方图示列出调控启动子活性的因子。RNAP：RNA 聚合酶，TF：转录因子。 (Silva-Rocha and de Lorenzo, FEBS Letters 582 (2008) 1237–1244);Bio-Informatics要做的事;Goal of Digital Cells（数字细胞）;Digital Cell Components数字细胞元件;To 电子回路的工程设计基础;基因回路（Genetic Circuits）设计; 编程并控制细胞行为的第一步是建立一个精心设计的元件库，作为更复杂的生物系统的基石。在构建具有一定的遗传功能的逻辑门时，与电子逻辑门的输入和输出的电信号（H/1或L/0）相对应的是特定DNA与蛋白质结合以及它们诱导物分子的浓度高（H，1）或低（L，0）。 ; 在细胞内，这些分子与其它蛋白质相互作用，绑定特定的DNA结合位点，并最终调节其他蛋白表达。这些调控活动，可以用数字逻辑功能及模拟信号处理来实现。 任何基因转录翻译成蛋白质的首要条件是：RNAp(RNA polymerase, RNA聚合酶)与基因上游区域的启动子结合，启动转录，随后RNAp将基因转录为信使RN