代谢通路富集分析.docxVIP

代谢通路富集分析 代谢通路富集分析是一种生物信息学方法，它提供了一种将数据在不同的代谢通路之间进行比较的有效方法。代谢通路富集分析通常应用在分析基因芯片、转录组学和基因组学数据中，以检测基因的功能关系。这种方法的核心是通过比较一组基因集和一组组分通路中同一路径下的基因表达差异，以确定基因集是否与路径相关。 传统的代谢通路富集分析多使用基因集与正则代谢网络进行比较。基因集可以是基于芯片实验或者基因组学谱系中定义的。正则代谢网络可以描述一组代谢反应，也可以帮助确定基因集与哪些代谢通路相关，这往往是利用某种标记系统实现的。一旦这些反应被定义，就可以利用统计检验的方法，比如Fisher检验、卡方检验或Χ2分布检验，来比较基因集与代谢通路的关联程度。 然而，传统的代谢通路富集分析仍存在许多局限性，如定义单一通路可能忽略某些信息；此外，通过比较两个基因集之间的差异，可能会忽略基因集之间的共性（包括基因）信息。此外，许多统计测试工具都受到了假设（如随机性假设）的限制。 为了解决这些问题，最近已经提出了基于深度学习的代谢通路富集分析方法。本研究探索利用深度学习算法，如深度神经网络（DNN），来进一步提取代谢通路之间的连接信息。这样可以更准确地识别基因集之间的联系，有助于更好地识别转录组和基因组外有意义的组分通路，从而推动了系统生物学研究。