药物发现与生物大分子计算模拟平台Discovery Studio 2023新功能揭秘.docxVIP

— — PAGE 1 — 药物发现与生物大分子计算模拟平台Discovery Studio 2023新功能揭秘  Discovery Studio（简称DS），是基于 Pipeline Pilot构建的面向生命科学领域的综合分子建模和模拟平台。交互式强，易于使用的视窗操作界面和经过多年验证的科学算法和集成环境使得Discovery Studio被广泛的用于生命科学的各个研究领域如实验生物学、药物化学、结构生物学、计算生物学和计算化学等。Discovery Studio标准C-S架构保证了方便的数据管理和作业监控，另外DS还可以基于科学信息处理平台Pipeline Pilot（简称PP）或者Perl语言对其功能或界面进行灵活的扩展，让数据的共享和交流变得更为方便和简洁，为研究人员提供灵活易用的生物大分子和小分子研究领域的设计与优化工具。  Discovery Studio 2023相较于Discovery Studio 2023进行了一系列产品性能的提高和新功能的增加，这些功能进一步扩展了研究的热点领域，例如添加显式膜结构的跨膜蛋白分子动力学研究和抗体成药性评价等。  新功能涉及分子动力学(Simulation)、药效团模型(Pharmacophores)、蛋白处理(Macromolecules)、抗体设计(Antibody)、分子对接(Receptor-Ligand Interactions)和毒性预测(TOPKAT)并进行更新和改进。分子动力学  Simulation  新增Multi-Site Lambda Dynamics method (MSLD)：用于计算大型类属库分子的相对结合自由能，更好地进行先导化合物的筛选优化；图1：通过MSLD方法计算组合库中分子的相对结合自由能 新增显式膜结构的跨膜蛋白的分子动力学计算。提供多种类型的磷脂膜结构，同时支持自定义膜类型； 图2：在POPC显式膜内溶剂化的hERG离子通道 优化了分子动力学的计算步骤，每一个计算步骤都可以通过作业提交系统进行资源分配；  QM/MM升级为64位可执行程序。 药效团Pharmacophores 新增Ensemble Pharmacophore Generation ：从一组活性配体生成一组共同特征的药效团。活性配体使用2D指纹进行聚类。对于每个聚类，从聚类中心选择5个配体，然后使用共同特征药效团算法创建药效团；  新增Interaction Pharmacophore Generation ：从受体-配体复合物的非键相互作用出发产生药效团模型； 图3：依据受体-配体非键相互作用产生药效团模型  优化了3D QSAR Pharmacophore Generation的验证方法；  更新了PharmaDB数据库，容量达到253,818个药效团模型。 蛋白处理Macromolecules  优化Prepare Proteins 模块：可以同时处理多个蛋白分子，并添加了并行计算提高计算效率；  新增Analyze Protein Interface的参数 Neighbor Distance Cutoff：用于确定两个氨基酸残基是否相邻。抗体设计Antibody  新增计算抗体黏度，蛋白溶解度；  优化抗体人源化计算Predict Humanizing Mutations 模块参数，可以同时自定义重链(H)和轻链(L)的V基因和J基因；  计算聚集的工具面板重命名为Predict Protein Formulation Properties。 分子对接Receptor-Ligand Interactions  GOLD接口支持最新版GOLD程序，可实现共价对接功能；  新增核酸分子与配体分子的2D相互作用图；  优化了非键相互作用中配体疏水作用的定义方法。毒性预测TOPKAT  新增解释TOPKAT计算结果的内容，帮助更好理解Toxicity Prediction (TOPKAT)和Toxicity Prediction (Extensible)计算的结果。新操作教程 Adding an explicit membrane to a transmembrane protein：跨膜蛋白添加显式膜结构教程Calculate relative binding free energies using Multi-Site Lambda Dynamics：MSLD计算相对结合自由能教程Generating ensemble pharmacophores from large data sets：从一组活性配体生成一组共同特征的药效团教程Generating interactio