11-9-22生物信息学资源1.pptVIP

生物信息学 Bioinformatics;重要通知:;复习:;Questions: 1. 蛋白质二级结构有哪些？ 2. TSS,外显子和内含子的概念。 3. 如何判断起始密码子和终止密码子？内含子？ ;请画出示意图:;核酸;TATA盒 ;转录;编号;第三章 生物信息学数据库资源;提纲:;提纲:;;human;模式生物基因组计划;2019年2月15日《Nature》封面;又一次成功！ ——水稻基因研究;我国自主产权的全基因组测序计划;viruses;模式生物(Model Organism);Escherichia coli大肠杆菌;Saccharomyces cerevisiae酿酒酵母;秀丽线虫Caenorhabditis elegans一种透明的、生活在海滩泥沙中的小虫。;Drosophila melanogaster果蝇;Arabidopsis thaliana拟南芥;Oryza sativa水稻;模式生物(Model Organism);模式生物(Model Organism);模式生物(Model Organism);;;提纲:;主要的数据库资源;3大核酸数据库;ATTGACTA;三大基因数据库;GenBank;/;美国的核酸数据库GenBank〖Banson,D.A. et al. (2019) Nucleic Acids Res. 26, 1-7〗从1979年开始建设，1982年正式运行；;; 欧洲分子生物学实验室的EMBL数据库也于1982年开始服务;www.ebi.ac.uk/embl//;ddbj.nig.ac.jp/index-e.html;日本于1984年开始建立国家级的核酸数据库DDBJ，并于1987年正式服务。;/;GenBank/;The National Institutes of Health;;NCBI Web Traffic ;;;;;提纲:; 蛋白质数据库;主要的数据库资源; PIR (Protein Information Resource ，蛋白质信息资源）于1984年正式启动，目前由美国国际蛋白质信息中心管理。 SwissProt由瑞士日内瓦大学于1986年创建，目前由瑞士生物信息学研究所和欧洲生物信息学研究所 EBI共同维护和管理。 TrEMBL是从EMBL中的cDNA序列翻译得到的。该数据库采用SwissProt数据库格式，包含EMBL数据库中所有编码序列的翻译。 ; PIR(protein information resource) 1. 由美国NCBI翻译自GenBank的DNA序列(1984年)； 2. 在EMBL和GenBank数据库上均建立了镜像站点； 3. 数据依据注释的质量分为4类。 网址： / ;; SWISS－PROT 1. 瑞士日内瓦大学医学生物化学系和欧洲生物信息学研究所(EBI)合作维护（1986年）； 2. 在EMBL和GenBank数据库上均建立了镜像站点; 3. 数据库包括了从EMBL翻译而来的蛋白质序列，这些序列??过检验和注释； SWISS-PROT的网址： /sprot ;;蛋白质结构数据库;主要的数据库资源; PDB（protein data bank） 1. 目前最主要的蛋白质分子结构数据库； 2. 1970年代建立，美国Brookhaven国家实验室维护管理; 3. 1988年，由美国RCSB(research collaboratory for structural biology)管理； 4. 以文本格式存放数据，包括原子坐标、物种来源、测定方法、提交者信息、一级结构、二级结构等； PDB的网址：/pdb(美国) ;;/pdb;;;;;提纲:;重要通知:;Questions: 下列数据库分别是什么类型的数据库? GenBank, PIR, DDBJ, SWISS-PROT, PDB, EMBL, TrEMBL, 生物信息学 Bioinformatics;重要通知:;复习:;Questions: 1. 蛋白质二级结构有哪些？ 2. TSS,外显子和内含子的概念。 3. 如何判断起始密码子和终止密码子？内含子？ ;请画出示意图:;核酸;TATA盒 ;转录;编号;第三章 生物信息学数据库资源;提纲:;提纲:;;human;模式生物基因组计划;2019年2月15日《Nature》封面;又一次成功！ ——水稻基因研究;我国自主产权的全基因组测序计划;viruses;模式生物(Model Organism);Escherichia