《生物信息学》教学课件 GO数据库的使用.ppt

GO数据库的使用 * GO(gene ontology)是由基因本体联合会(Gene Onotology Consortium)创建的关于基因和蛋白质在细胞中的规则的知识的动态的控制性词汇集合以及其中各种关系的语法。其目的是建立一套完善的词汇、词典及语法的知识体系。 * GO (gene ontology) 数据库，旨在建立一个适用于各种物种的，对基因和蛋白质功能进行限定和描述的数据库，并能随着研究不断深入而更新的语义词汇标准。GO 是多种生物本体语言中的一种，提供了三层结构的系统定义方式，用于描述基因产物的功能。 * GO数据库主要从三个方面来注释基因和基因产物，分别是分子功能，生物过程和细胞组分。 1、分子功能主要指单个基因产物分子所执行的任务。 eg:一个蛋白质可能是一个转录因子或是一个载体蛋白。 2、生物过程是指基因产物所联系的一个大的生物功能。eg:有丝分裂。 3、细胞组分是指一个蛋白质的亚细胞定位。eg:一个蛋白质可能定位到细胞核中也有可能定位到核糖体中。 * Gene Ontology 就是为了解决生物学上定义混乱的问题，能够使各种数据库中基因产物功能描述相一致而发起的一个项目。 这个项目最初是由1988 年对三个模式生物数据库的整合开始：the Fly Base (果蝇数据库drosophila)， saccaromyces Genome Database (酵母基因组数据库SGD) 和 Mouse Genome Informatics (小鼠基因组数据库MGI)。GO 现在已是包含数十个动物、植物、微生物的数据库。 network-extracted ontology * 输入网址：/ * 从NCBI数据库查询蛋白质在GO数据库中的信息 * * * * * 点击link to all genes and gene products annotated to haptoglobin binding * 输入网址：/ * * * * * * * * * * 激酶A锚定蛋白家族 * * Hypoxia-inducible factor-2alpha * * * * * * 作业 1、用KEGG查询人类TCA循环代谢途径图、Entry number、KO号以及该途径中的cirtrate synthase在mus musculus（小家鼠）中有几种同源基因。 2、利用GO数据库查询一种蛋白质的亚细胞定位和蛋白质功能，并显示出该蛋白质的相关信息。（如细胞组分，分类等） *