《生物信息学》教学课件11.ppt

Show/Hide 菜单包含的操作可以实现特定的亚结构显示或隐藏 Show/Hide:Pick Structures 对话框可以让你选择哪一个单一的结构，链和结构域显示的开关 Show/Hide 菜单下的其他项则与比对的视图有关 Style 菜单下的选项可以影响空间结构中不同部分的形状和颜色。例如，默认的显示单个结构的方式是Style:Rendering Shortcuts:Worms 加上Style:Coloring Shortcuts:Secondary Structure ，这种方式显示一个螺旋的骨架，没有侧链，用实心的记号—箭头和柱面—代表条带和螺旋。螺旋的颜色为绿色，条带为桔黄色，卷曲为蓝色。(这些二级结构元素的位置和范围是由NCBI 确定的，这在PDB 的原始文件中并没有纪录) 。注意条带上的箭头 (螺旋柱面的方向是随机的)总是指向N 端到C 端的方向。 Cn3D 的序列阅读器 当一个单独的结构在Cn3D 中被加载，序列阅读器就会显示结构中所有蛋白质和核酸链的序列。 Cn3D 的序列阅读器 每个残基的颜色在结构窗体与序列窗体中都是相同的：序列中的每个字母代表结构中相应的残基，并且总是采用骨架中alpha 碳的颜色（或对于核苷来说是磷的颜色），即使是结构窗体中侧链的颜色与骨架颜色不同。 更强大的一个应用是很容易将序列中的残基于结构中的原子一一对应。这就象是文本编辑器一样依靠高亮显示来实现。在序列窗体中按住并且拖动鼠标将会使字母反白显示，同时会使结构窗体中相应的原子以同样的反白颜色显示。反过来也是一样：双基结构窗体中的残基将会使它本身和序列窗体中相应的字母一起高亮显示 点击序列编辑器的序列ID，可以链接到NCBI上该序列较为详细的信息 结构比较 (VAST) NCBI 创建并且维护了一个比对数据库，叫做VAST，可以方便的在MMDB中查询所有核心区结构相似的蛋白质对。 VAST 为每一对相关蛋白做两件事：计算保守区的最佳三维重叠，和构建基于空间结构相关的序列比对 Vector Alignment Search Tool 左键： 旋转三维结构视图 Shift+左键：拖动三维结构到适当位置 Ctrl+左键：放大或缩小(zoom) View?animation?spin可以动画形式旋转三维结构---非常好的功能 常用操作 与其他的类似软件，其在结构观察方面主要功能上基本相似，但是图形格式上比Rasmol和Weblabview要差一些。 在与网络连接上，该软件能依托NCBI所建立的所建立的MMDB结构数据库，能直接根据输入的序列号从数据库中利用其内嵌的Entrez搜索引擎调出蛋白结构来进行观察，比其他软件要简便 Cn3D 而Cn3D主要的特点是能够将两个蛋白放在一起直观地进行三维结构上的比较， Cn3D在结构比较方面也能利用其内嵌的Blast搜索引擎直接访问Genbank数据库找到具有局部相似性的结构数据，并在三维结构图中显示出二者具有相似性的结构区域。 END ! user颜色模式：RasMol使用用户储存在PDB文件中的颜色方案显示三维分子 Options菜单中的各选项含义分别如下：　　Slab Mode：RasMol设定水平方向为X轴，垂直方向为Y轴，垂直于显示屏向内为Z轴。当选定此选项时，程序形成一个垂直于Z轴的不可见平面，称作Slab Plane平面，在此平面以外的分子结构不作显示。可以在命令行窗口中输入命令“Slab 数值”，以改变显示此分子部分的大小。数值从0～100，即从全部不显示到全部显示。 Slab Mode： Hydrogens: 这是一个开关，当选择它时（也就是Options菜单下Hydrogens 项前有打勾），程序的任何操作均对氢原子有效，即立体图显示氢原子；而不选择它时，则氢原子不作显示。 Hetro Atoms：与Hydrogens相似，也是一个开关，当选择它时，大分子中的异族原子均显示，否则不作显示。这些异族原子主要为水分子、辅因子、其它溶剂以及配体。 Specular：此选项用来选择所显示的三维分子是否在其表面反光，以使其3维立体效果更强 镜像或光谱的 Shadows：用来选择显示分子是否产生投影效果，以使其3维立体效果更强。　　 Stereo：在主窗口上显示左右两个立体分子 Labels：显示各原子或片段相应的信息。可通过命令行输入此命令。 ILE34 RasMol还可以将所显示的三维分子结构以其它通用的图像格式输出到文件。这样，不需用RasMol，只要用其它图像软件，就可以观看、处理此图像。菜单中的Export项即为此功能。可以输出的图像格式包括：BMP、GIF、EPSF、PPM、RAST 旋转所显示分子的方法有三种 1.用鼠标点击主窗口右方与下方的滚卷条，立体分子将以X轴或