【8年制生物信息学】第3章.pptxVIP

第三章 多序列比对;ClustalX2.0的使用 ;1.可到多个网站下载ClustalW/X，其中一个网站是ebi。点击黄色图标“Download Software”开始下载。;2.ClustalW存在多个版本，2.0之前统称ClustalW，2.0之后统称ClustalW2和ClustalX2。;3.选定版本后可选择下载ClustalW或ClustalX。;4.安装成功后的界面，Load Sequence用于加载数据文件。注意数据文件必须在ClustalX目录里。;5.由菜单 Alignment- Alignment Parameters- Multiple Alignment Parameters 进入参数设置页面，这些参数包括Gap Opening、Gap Extension和各种替换计分矩阵。;6.ClustalX使用FASTA格式的数据文件。左图文件是所示例子的数据，每条数据有一个注释行，它以开头。;7.加载后比对前的数据。;8.由菜单Alignment-Alignment Parameters-Pairwise Parameters，选择Slow/Accurate Pairwise Parameters，产生较高质量的结果。;9.由菜单 Alignment- Alignment Parameters- Pairwise Parameters，选择Slow/Accura