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生技製藥學概論 第一页，共三十四页。 第二页，共三十四页。 第三页，共三十四页。 新藥化合物來源 化合物資料庫 新合成化合物 民俗藥材萃取純化 組合化學合成 衍生物合成 功能性基因體學 蛋白質體學 Rational Drug Design 第四页，共三十四页。 化合物資料庫 第五页，共三十四页。 第六页，共三十四页。 新合成化合物 第七页，共三十四页。 民俗藥材萃取純化 第八页，共三十四页。 第九页，共三十四页。 第十页，共三十四页。 第十一页，共三十四页。 組合化學可以定義為：由有機、無機的構築分子，以所有可能的排列組合方式來進行化學合成反應，藉此快速地得到數目龐大且具多樣性的的產物──分子庫（library）。換句話說，化學家利用簡單的組合概念來製備可以提供篩選的分子庫。 第十二页，共三十四页。 組合化學儀器 高效率藥效篩選儀 第十三页，共三十四页。 第十四页，共三十四页。 第十五页，共三十四页。 Data source Data size Bioinformatics topics Raw DNA sequence ? ? ? ? Protein sequence ? ? ? Macromolecular structure ?  ? ? ? ? ? ? Genomes ? ? ? ? ? ? Gene expression ? 8.2 million sequences (9.5 billion bases) ? ? ? 300,000 sequences (~300 amino acids each) ? 13,000 structures (~1,000 atomic coordinates each) ?  ? ? ? ? ? 40 complete genomes (1.6 million ? 3 billion bases each) ? ? ? ? largest: ~20 time point measurements for ~6,000 genes ? ? Separating coding and non-coding regions Identification of introns and exons Gene product prediction Forensic analysis ? Sequence comparison algorithms Multiple sequence alignments algorithms Identification of conserved sequence motifs ? Secondary, tertiary structure prediction 3D structural alignment algorithms Protein geometry measurements Surface and volume shape calculations Intermolecular interactions ? Molecular simulations (force-field calculations, molecular movements, docking predictions) ? Characterisation of repeatsStructural assignments to genes Phylogenetic analysis Genomic-scale censuses (characterisation of protein content, metabolic pathways) Linkage analysis relating specific genes to diseases ? Correlating expression patterns Mapping expression data to sequence, structural and biochemical data Other data ? Literature ? ? Metabolic pathways ? ? 11 million citations ? ? Digital libraries for automated bibliographical searches Knowledge databases of data from literature ? Pathway simulations ? 第十六页，共三十四页。 第十七页，共三十四页。 第十八页，共三十四页。 第十九页，共三十四页。 第二十页，共三十四页。 第二十