什么是植物基因组.pptxVIP

第1页/共27页什么是植物基因组第2页/共27页1基因组的定义2植物基因组特征三种基因组研究技术3目 录第3页/共27页基因组的基本知识01基因的由来基因组的定义测序技术的发展历程植物基因组的特征第4页/共27页基因的前世今,美国人沃森和英国人克里克通过实验提出了DNA分子的双螺旋模型,丹麦植物学家和遗传学家约翰逊首次提出“基因”这一名词,用以表达孟德尔的遗传因子概念。18601870年,奥地利学者孟德尔根据豌豆杂交实验提出遗传因子概念,并总结出孟德尔遗传定律。1944年1944年,3位美国科学家分离出细菌的DNA(脱氧核糖核酸),并发现DNA是携带生命遗传物质的分子。1969 1969年,科学家成功分离出第一个基因。第5页/共27页基因组测序基因组的de novo 测序，从最初的sanger测序发展到二代三代测序，主要是通量的改变。?1、1977年在PNAS上发表的双末端中止法测定DNA序列（DNA sequencing with chain-terminating inhibitors），就是第一代测序。代表应用-------耗资30亿美元的“人类基因组计划”。?2、2005年第二代测序平台出现，以IIIlumia HiSeq平台为代表的二代测序技术，以通量高、周期短、价格低的特点，使人类基因组、动植物、微生物等不同领域都相应开发出了基于二代平台的测序应用。代表应用-------G.hirsutum L. （四倍体陆地棉）T. urartu（二倍体野生单粒小麦）等。?3、二代测序具有短Reads数据特征，并且对于高重复等基因组难以获得较好的组装效果。以PacBio平台为基础的单分子实时测序技术为代表的三代测序应运而生（还有纳米孔测序法），通常配合或辅助二代测序技术。代表应用------Oropetium thomaeum（复活草）基因组研究。第6页/共27页基因组一般的定义是单倍体细胞中的全套染色体为一个基因组，或是单倍体细胞中的全部基因为一个基因组。————百度百科In modern molecular biology and genetics, a genome is the genetic material of an organism. It consists of DNA (or RNA in RNA viruses). The genome includes both the genes (the coding regions) and the noncoding DNA, as well as the genetic material of the mitochondria and chloroplasts.————维基百科一个单倍体细胞中全部包含遗传信息的载体的集合。————我们的理解信息流定义：一个物种正常基因组序列与特定的群体多态性共同组成的信息集。操作流定义：一个物种全部染色体与染色体随细胞周期变化时形成的动态分子复合体，是一个巨大的细胞机器。第7页/共27页02基因组的特征核叶绿体线粒体第8页/共27页植物基因组特征:1、植物基因组往往比较大染色体数目变化范围大。世界上现在公认的基因组最大的生物是Paris japonica，中文名衣笠草，约150Gb，大约是人类（3.2Gb）的50倍，是具有40条染色体的八倍体。已知的染色体数目最多的一个科叫Ophioglossum，中文名瓶爾小草科，属于蕨类，该科物种最多可有1260条染色体。衣笠草瓶爾小草第9页/共27页第10页/共27页第11页/共27页/piece/browse.php第12页/共27页/piece/browse.php第13页/共27页2、植物基因组多倍体比较常见，而动物中极其罕见。常见植物染色体数目以及其倍型水稻玉米香蕉水仙马铃薯曼陀罗小麦倍型2n2n3n3n4n4n6n染色体数目242033304848423、植物基因组重复序列含量往往更高。4、植物体独有的功能比如光合作用就有其相对应植物独有的基因。 植物特有的编码、非编码基因、调控序列及其产物形成了植物特有的光合作用系统。第14页/共27页植物叶绿体基因组:定义：叶绿体DNA（cp DNA）存在于叶绿体内的DNA。高等植物叶绿体的DNA为双链共价闭合环状分子。18-20 kb结构上叶绿体基因组DNA一般为双链环状分子，极少数为线状， CpDNA基因数为120个左右。典型的叶绿体基因组结构包括四个部分, 两个IR区把整个基因组分割为LSC区和SSC区。并不是所有的叶绿体都含有IR。叶绿体基因组中含有大量的功能基因，可分成三类，即光合作用有关基因，和基因表达本身有关的基因和其他生物合成有关的基因。20-30 kb120-180