生物信息学基因组分析.pptx

生物信息学基因组分析;人类基因组计划;基因组、转录组和蛋白质组;本章内容提要;1. 基因组的结构与内容;(1) 基因的结构;基因组大小 基因数;基因数量 - 生物复杂性？;Genotype to Phenotype;isoform 1;Phosphorylation;(4) 相互作用网络;细胞信号通路;(5) 非编码区;Functional elements: Promotor;Transcription Factor Binding Site;Gal4p and Kruppel;其他功能元件;Non-coding RNA;tRNA rRNA;snoRNAs;microRNA/miRNA;Transposon;2. 基因组注释;(1) 基因组测序：鸟枪法;基因组的拼装;重复序列带来干扰;(2) 基因预测;;基因的其他特征;HMM model for Gene Prediction (Genie);(3) 可变剪切的预测;部分有向图算法;3. 比较基因组学;Gene Ontology：基因本体论;Gene Ontology：基因本体论;第37页/共58页;功能显著性分析：超几何分布;;转录因子;4. 基因/蛋白质的功能预测;(1) 一级序列的比较;(2) 保守的功能结构域;例：Nek2;(3) 三级结构的比较;Ubiquitin vs. SUMO;序列相似性：~20%;结构相似性;(4) 蛋白质相互作用的预测;;Conservation of gene order/ bidirectional pairs;;Correlated sequence signatures ;PID模型：最大似然性法;P(Imn = 1): 训练;Conserved co-expression;STRING: 方法的整合;感谢观看!