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- 2023-07-22 发布于广东
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3个冠突散囊菌3个基因的信号转导分析
冠状星是一种优势细菌,通过转化过程中产生。
目前, 国内外对冠突散囊菌的研究主要集中于生理生化及形态观察方面, 对其子囊孢子产生的分子机制研究较少;已通过分子克隆的方法得到一些可能与冠突散囊菌子囊孢子产生相关的基因全长序列, 如veA
1 材料和方法
1.1 材料表面
冠突散囊菌nsdD、esdC和flbA基因的核酸序列均由贵州省农业生物技术重点实验室通过RACE方法或染色体步移法获得。
1.2 编码区的整合
利用Augustus数据库对这些基因的编码区进行预测, 选用Augustus数据库中已经通过生物信息学处理的构巢曲霉、烟曲霉 (Aspergillus fumigatus) 以及米曲霉 (Aspergillus oryzae) 的基因组作为参考, 并利用加权整合的方法获得最佳的编码区预测结果。利用Gene ontology及FunCat网站对预测基因编码的蛋白进行注释。SignalP及TM-HMM分别用于信号肽及跨膜螺旋的预测, WoLF PSORT (Protein Subcellular Localization Prediction) 及TargetP网址用于亚细胞定位的预测。
1.3 曲霉氨基酸序列的利用
利用Augustus预测获得的冠突散囊菌NsdD、EsdC和FlbA氨基酸序列作为检索对象, 分别在NCBI的Protein
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