第二章遗传学图谱.pptVIP

第二章 遗传图绘制;为何要绘制遗传图与物理图？;结构基因组的研究策略; 基因组测序的策略---由上至下(左)和由下至上的测序(右);Clone-by-clone测序;鸟枪法测序;混合法测序(Hybrid strategy);一 、遗传图谱与物理图谱;§2 遗传学图谱 §2.1遗传图与物理图;§2 遗传学图谱 §2.2 遗传作图的标记;§2 遗传学图谱 §2.2 遗传作图的标记;水稻局部形态学标记性状及其基因 性状分类 标记性状 已鉴定的基因举例 色素 紫色叶耳 Pau 紫色叶舌 Plg 紫色谷壳 Pr 黑色谷壳 Bh 紫色柱头 Wh 紫色叶鞘 Psh 籽粒 有芒 An-1, An-2, An-3 内颖发育不全 dp-1, dp-2 大胚 ge 圆粒 rk-1,rk-2 多雌蕊 mp-1,mp-2 资料来源： Rice Genet. News. Vol.6 。 ;同工酶标记 是指以同工酶带型为标记，通过电泳使同工酶带型产生多态性。 ;水稻局部同工酶基因 同工酶 基因座位 染色体 等位基因 酸性磷酸酯酶 Acp-1 12 0-3 Acp-2 12 0,3 Acp-4 7 1,2 乙醇脱氢酶 Adh-1 11 0-3 ?-淀粉酶 ?Amy-1 7 0-3 过氧化氢酶 Cat-1 6 0-3 酯酶 Est-2 6 0,1,2 Est-3 9 1,2 Est-5 1 0,1,2 Est-7 7 0,1 Est-9 7 1,2 资料来源： Rice Genet. News. Vol.7 。;§2 遗传学图谱 §2.2 遗传作图的标记;§2 遗传学图谱 §2.2 遗传作图的标记;DNA标记具有的优势： ? 在数量上是巨大的； ? 操作相对简单，适合大规模开展工作； ? 标记比较明显，容易识别； ? 受环境影响少，标记本身就是遗传物质。;§2 遗传学图谱 §2.2 遗传作图的标记;§2 遗传学图谱 §2.2 遗传作图的标记;RFLP是如何发现的?;David Botstein ;第1篇有关人类RFLP实验论文;第一篇RFLP论文的诞生; RFLP多态性的产生与检测;§2 遗传学图谱 §2.2 遗传作图的标记;RFLP的特点;如何寻找RFLP标记;AFLP(amplified fragment lenth polymorphism, 放大的片段长度多态性) ;AFLP的操作程序;§2 遗传学图谱 §2.2 遗传作图的标记;§2 遗传学图谱 §2.2 遗传作图的标记; 为什么微卫星比小卫星更常用做DNA标记？ 1〕小卫星在基因组中分布不均匀，更常见于染色体末端。微卫星序列在整个基因组中分布均匀，而且密度高； 2〕小卫星不适用于PCR分型，因为它的重复单位较长，可以形成20kb长的聚集区，而微卫星区较短，通常小于150bp，用PCR扩增时反响快又精确。 人类基因组约有6.5×105个微卫星标记。; 由于重复单位的不同，微卫星存在着多种不同的类型。各类微卫星的频率在不同的生物体之间存在着显著的差异。在人类基因组中，最丰富的微卫星是(A)n、(AC)n、(AAAN)n、(AAN)n和(AG)n。(AT)n是植物基因组中最丰富的微卫星。在水稻基因组中，最丰富的微卫星是(GA)n和(GT)n。不同生物的基因组中，微卫星的丰度也差异较大。哺乳动物基因组中微卫星的丰度约为植物基因组的5倍。在植物中，双子叶植物微卫星的丰度约为单子叶植物的3倍。 ;; 在微卫星DNA中，简单序列的重复次数在同一物种的不同品种或不同个体中存在着较大的差异。也就是说，微卫星座位上存在着非常丰富的等位基因。例如，在水稻中，RFLP座位的等位基因数为2-4个，而微卫星的等位基因数为2-25个。从多态性信息含量〔polymorphism information content，PIC〕来衡量，RFLP的PIC值为0.39，而微卫星的PIC大于0.75。 由于微卫星座位具有丰富的等位基因，因此微卫星标记是一类比较理想的分子标记。 ; SSLP多态性信息量;如何检测SSR;SSR在遗传学上的应用;SSR的特点;遗传作图中使用的SSR分析;§2 遗传学图谱§2.2 遗传作图的标记;SNP (single nucleotide polymorphism,单核苷酸多态性);SNP的一些特点;如何检测SNP;2〕液相杂交技术;几种分子标记特点的比较 标记类型 带型 等位基因数