单细胞测序完整版.pdf

第4章-3 单细胞测序 1）什么是单细胞测序？ 2）为什么要单细胞测序？ 3）单细胞测序的方法 4）单细胞测序的问题 5）展望 单细胞测序 单细胞测序 （single cell sequencing），简称SCS,系指从 单个细胞提取DNA或RNA样品进行 DNA或RNA的测序。 单细胞测序进展年表 Molecular Cell 58, 2015 单细胞测序 在生物学和医学研究中的应用-1 单细胞测序有广泛的应用领域：1）神经生物学 根据转录物组来确定神经细胞 的类型。2）生殖遗传 人类单个精子测序发现，每个精子细胞平均发生 22.8个重组事件，5-15个基因转换事件，25-36个新突变。3）器官发生 传 统的方法是依据少数标记来确定细胞的类型，而单细胞RNA测序可提供同一 类型细胞的转录物组组成。4）癌症生物学 肿瘤细胞在增殖过程中会发生 新的突变，形成遗传异质性亚群体。单细胞DNA和RNA测序可揭示异质性肿瘤 细胞的基因型组成，为肿瘤的发生，微进化及医疗诊断和治疗提供理论依据。 5）医学诊断 血细胞遗传变异检测等。 Molecular Cell 58 , May 21, 2015 单细胞测序 在生物学和医学研究中的应用-2 单细胞测序有广泛的应用领域：1）免疫学 体内免疫系统会产生大量的免疫 细胞类型。从小鼠脾脏响应抗原LPS激活的40 00个单细胞RNA测序揭示， 存在7类不同的细胞类群，发生了1 575个不同的基因应答。2 ）微生物学 环境中的微生物有99%是不能实验室培养的，古细菌单细胞DNA和RNA测 序发现了生命之树中29个以往未涉及的物种，对生命三域提出了挑战。3 ） 组织嵌合性 在一类神经细胞中发现13%–41%的细胞存在基因组CNV （拷 贝数变异）。4 ）胚胎学 单细胞RNA测序发现在卵裂球细胞中检测到1 000 个异质性转录产物。5 ）产前诊断 可在卵裂球和子宫植入前对胚胎进行单 细胞检测，及早发现遗传隐患。Molecular Cell 58 , May 21, 2015 肿瘤细胞遗传异质性 单细胞 基因组 测序 - 宏基因 组学 研究 宏基因组学的研究必须从环境中收集共生混杂的微生物，然后提取总DNA。在构 建DNA文库进行高通量测序后，获得的DNA序列经比对组装。虽然依据16 rRNA序列可区分环境中微生物的物种组成，但不能区分其它DNA序列的归属。 单细胞测序可以解决上述问题。单细胞提取的DNA经MDA扩放后，可构建单细胞 基因组测序库，高通量测序后的序列可组装，产生单一基因组序列。 单细胞基因组测序 - 癌变基因组学研究 肿瘤细胞产生后，有一个继续发 展的过程。由于初始肿瘤细胞 增殖后，会在某些个体细胞中 发生新的突变并形成新的细胞 系。这一过程可能在后续的肿 瘤增生时反复出现，形成具有 遗传异质型的肿瘤细胞群体。 右图显示，在初始肿瘤突变细胞 M1增殖后，到取样时肿瘤细胞 中已发生了8次突变。由于细胞 增殖和细胞之间的竞争，肿瘤 样品细胞群体中不同克隆系含 有的突变基因存在差异。 Molecular Cell 58, May 21, 2015 单细胞测序程序与方法 单细胞测序涉及3个步骤：1）从细胞群落或组织中分离高质量的有代表性的单 细胞；2）从单细胞中提取和扩放全基因组DNA或转录产物；3）进行全基因 组范围的DNA或转录组测序。 丰度单细胞的分离 表中所列为丰度单细胞的提取方法及其优缺点和每种方法 的实验耗费。 Molecular Cell