《生物信息学》课程教学大纲.docVIP

《生物信息学》课程实验教学大纲 一、实验类别：学科基础实验 课程学分：2 二、实验总学时：10 三、应开实验个数：5 必开实验个数：5 选开实验个数：0 四、适用专业：园艺 五、实验成绩评定方法：根据实验报告评定实验成绩。 六、实验成绩占课程总成绩比例：30% 七、实验教材或自编指导书：自编 八、实验项目： 实验编号 实验项目名称 实验类型 实验学时 要求 实验一 Unix操作系统常用shell命令的使用 演示性 2 必开 实验二 核酸/蛋白质顺序MySQL关系数据库的建立 验证性 2 必开 实验三 利用BLAST进行数据库序列比对分析 设计性 2 必开 实验四 DNA序列的ClustalW比对分析 验证性 2 必开 实验五 PHYLIP系统发育树分析 验证性 2 必开 实验一 Unix操作系统常用shell命令的使用 学时：2 （一）实验类型：演示性 （二）实验目的： 1．了解类Unix操作系统FreeBSD的安装。 2．学习Unix系统下Shell命令的使用。 （三）实验内容： 1．FreeBSD操作系统安装介绍。 2．远程登录FreeBSD服务器。 3．常用Shell命令的使用。 （四）要 求：必开 （五）每组人数：2 （六）主要仪器设备及配套数：个人计算机（PC）30台。 （七）所属实验室：信息中心机房 实验二 核酸/蛋白质顺序MySQL关系数据库的建立 学时：2 （一）实验类型：验证性 （二）实验目的： 1．学会建立MySQL数据库。 2．建立核酸/蛋白质序列数据库。 （三）实验内容： 1．MySQL数据库介绍。 2．MySQL关系数据库表格规范化。 3．核酸/蛋白质序列数据库建立。 （四）要 求：必开 （五）每组人数：2 （六）主要仪器设备及配套数：个人计算机（PC）30台。 （七）所属实验室：信息中心机房 实验三 利用BLAST进行数据库序列比对分析 学时：2 （一）实验类型：设计性 （二）实验目的： 1．学习BLAST序列相似性网络核酸蛋白数据库比对方法。 2．进行网络核酸蛋白数据库基因相似性分析。 （三）实验内容： 1．BLAST工具介绍。 2．连接NCBI进行BLAST随机序列相似性分析。 3．BLAST结果综合分析。 （四）要 求：必开 （五）每组人数：2 （六）主要仪器设备及配套数：个人计算机（PC）30台。 （七）所属实验室：信息中心机房 实验四 DNA序列的ClustalW比对分析 学时：2 （一）实验类型：验证性 （二）实验目的： 1．比较DNA序列的同源性。 2．掌握ClustalW分析软件的应用。 （三）实验内容： 1．多序列ClustalW分析。 2．ClustalW结果分析。 （四）要 求：必开 （五）每组人数：2 （六）主要仪器设备及配套数：个人计算机（PC）30台。 （七）所属实验室：信息中心机房 实验五 PHYLIP系统发育树分析 学时：2 （一）实验类型：验证性 （二）实验目的： 1．了解基因系统发育分析的相关方法。 2．用PHYLIP工具包进行系统发育分析。 （三）实验内容： 1．基因系统发育分析的相关方法。 2．掌握PHYLIP工具包的使用。 3．建立相关基因家族的系统发育进化树。 （四）要 求：必开 （五）每组人数：2 （六）主要仪器设备及配套数：个人计算机（PC）30台。 （七）所属实验室：信息中心机房