动态规划法双序列比对.pptVIP

* /55 The Problem with this Problem Long run time O(n4): - In the grid of size n x n there are ~n2 vertices (i,j) that may serve as a source. - For each such vertex computing alignments from (i,j) to (i’,j’) takes O(n2) time. This can be remedied by giving free rides 第二十八页，共五十五页，2022年，8月28日 * /55 Local Alignment: Example Global alignment Local alignment Compute a “mini” Global Alignment to get Local 第二十九页，共五十五页，2022年，8月28日 * /55 Local Alignment: Example 第三十页，共五十五页，2022年，8月28日 * /55 Local Alignment: Example 第三十一页，共五十五页，2022年，8月28日 * /55 Local Alignment: Example 第三十二页，共五十五页，2022年，8月28日 * /55 Local Alignment: Example 第三十三页，共五十五页，2022年，8月28日 * /55 Local Alignment: Example 第三十四页，共五十五页，2022年，8月28日 * /55 Local Alignment: Running Time Long run time O(n4): - In the grid of size n x n there are ~n2 vertices (i,j) that may serve as a source. - For each such vertex computing alignments from (i,j) to (i’,j’) takes O(n2) time. This can be remedied by giving free rides 第三十五页，共五十五页，2022年，8月28日 * /55 Local Alignment: Free Rides Vertex (0,0) The dashed edges represent the free rides from (0,0) to every other node. Yeah, a free ride! 第三十六页，共五十五页，2022年，8月28日 * /55 The Local Alignment Recurrence The largest value of si,j over the whole edit graph is the score of the best local alignment. The recurrence: 0 si,j = max si-1,j-1 + δ (vi, wj) s i-1,j + δ (vi, -) s i,j-1 + δ (-, wj) { Notice there is only this change from the original recurrence of a Global Alignment 第三十七页，共五十五页，2022年，8月28日 * /55 The Local Alignment Recurrence The largest value of si,j over the whole edit graph is the score of the best local alignment. The recurrence: 0 si,j = max si-1,j-1 + δ (vi, wj) s i-1,j + δ (vi, -) s i,j-1 + δ (-, wj) { Power of ZERO: there is only this change from the original recurrence of a Global Alignment - since there is o