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化学结构绘图 第一页，共三十九页，2022年，8月28日 1.利用2D优化画环形的氨基酸 例11 1.由模板窗口(Template Windows) 选择氨基酸(Amino Acids) 。 2.在氨基酸系列中，选择酪氨酸(Tyrosine)，点击工作区复制结构。 3.由化学基团表(Table of Radicals) 中选择丙氨酸(Alanine) 和色氨酸(Tryptophan) ，点击指定的原子，连接上相应的功能团。 注意：在固定基团前，可通过按TAB键翻转原子团。 第二页，共三十九页，2022年，8月28日 4.如下图所示从NH2拖动鼠标至OH功能团。 5.点击清理键 ，并 或把羟基双键旋转为垂直，得到所需结构。 第三页，共三十九页，2022年，8月28日 2.利用3D 优化 例12 创建双[2，2，2]环己烷结构 1.从选择菜单 Options/Preferences ,在Structure标签下，去掉 Add Hydrogens前面的对号, 点击 OK。 2.由化学基团表 中选取环己烷结构(Cyclohexane) ，点击工作区，得到环己烷结构。 4.点击正常画图工具(Draw Normal) ，通过拖动画出如下的碳氢桥： 5. 点击3D优化键(3D-optimize) ，得到优化后的3D模型。 注意：如果工作区中有多个结构，先利用选择工具选取将进行3D优化的结构(可以利用选择/移动、选择/移动/调整、3D旋转工具、套索工具） 第四页，共三十九页，2022年，8月28日 6. 如果Options/Preferences/Structure/ Switch to 3D Rotation mode 被选中, 3D优化后将自动转为3D 旋转状态。如果Switch to 3D Rotation mode 没有被选中,点击3D旋转键 后,将游标放置在结构式的任何原子或者化学键上,拖动鼠标旋转结构直到得到所需结构。 注意: 1.从Options / Preferences, 在Structure标签下，可以选择背景键断开或者连接,如果在Bonds Intersections中的 Enable被选中, 则背景键断开,否则,背景键连接。 2.改变交叉键的位置：选择要改变的键，Tools /Bring Bond to Front或Send Bond to Back . 也可以通过激活Change Position 键后,单击即将改变位置的化学键,同时按住SHIFT 键将后面的键移到前面来。 第五页，共三十九页，2022年，8月28日 例13.创建三将军结构 1. 按照上例先画出 2.由原子基团表中选择苯环,将光标放在a、 b和c键上分别点击，连接上苯环。得到如下结构 ： 3.如果工作区中有多个结构，先选择进行3D优化的结构，点击3D优化键进行优化，并进行3D旋转。 4.使用改变位置键 改变双键的位置，即可得到所需结构。 第六页，共三十九页，2022年，8月28日 例14 画如下结构 1.由基团表中选择环丁烷，在工作区点击两次，生成上下两个正方形。 2.选择正常画图模式，通过从一个原子到另一个原子拖动鼠标，连接环丁烷分子的角。 3.选中上述结构，点击3D优化键，得到所要的3D模型。 4.进行3D旋转，将鼠标放置在任意原子或键上，在工作区拖动鼠标旋转结构，得到所需要的结构。 （注意交叉键为不断开，要创建新的一页绘制该结构，因例12、13均为断开） 第七页，共三十九页，2022年，8月28日 3.画化学反应式 例15 1.从原子团表中选择苯环,按键盘上的TAB键,将悬在光标上的苯环翻转,然后在空白区点击,得到苯环,然后在苯环上的相应的位置点击,得到以下结构: 2.再绘制一个苯环，点击右键去掉阴影，点击常规画图工具,然后在苯环的双键上点击,得到三键. 第八页，共三十九页，2022年，8月28日 3.按照上面所讲的画出三将军结构如下: 4.从结构工具栏中,选择 键 ,在前面两个结构之间点击,得到加号。5.点击反应箭头键 , 在反应物和生成物之间点击并拖动鼠标,得到箭头。 注意:1. 点击 键右下脚的三角,可以得到一系列的不同形状的箭头。一些箭头被视为图形模式的物体,所以不能正确地输出至其他文件。 2.如果要移动加号或者箭头,可以点击选择/移动键 Select/Move , 然后将光标指在要移动的物