mapmarerexp软件在遗传图谱中的应用.docxVIP

mapmarerexp软件在遗传图谱中的应用 随着分子标记技术的快速发展和生物因素组的需要，qtl的定位在国内外非常流行。为了准确定位，需要建立准确的遗传谱标准。据美国 Rockfeller 大学统计遗传实验室所提供的信息, 目前已开发的遗传图谱构建软件有100多种, 而且新的软件还在不断涌现, 但由于Mapmarker/Exp软件具有操作的自主性和处理数据的精确性, 并且可以免费获得, 自研制成功以来, 一直受到国内外使用者的青睐。 正因为Mapmarker/Exp软件的操作具有很大的自主性, 整个作图过程通过命令来完成, 导致不同的使用者所建立的遗传图谱通常出现较大的差异, 特别是对类似小麦含有较大基因组的物种构建图谱时, 对某些标记到底该归于哪个连锁群及标记的排列顺序还存在很大的争议, 这些争议除了数据本身差异导致外, 不同的作图者使用不同的作图软件及设置不同的参数值也是一个非常重要的原因。Mapmarker/Exp3.0软件的许多重要参数默认值并非是最佳值, 只是作图所需的最基本条件, 所以有必要对其重新设置。本文正是通过川麦42×川农16重组近交系小麦作图实例对Mapmarker/Exp3.0遗传作图中的LOD值、max distance值等重要参数进行重新设置并与默认值条件下所得结果进行了统计分析, 同时对compare and try、compare和order3种排序方法所给连锁图谱进行了比较, 旨在为最佳作图参数和命令的选择提供参考。 1 材料和方法 1.1 共享的近交系群体 作图群体为川麦42与川农16杂交, 通过单粒传的方法构建的一套包含127个株系的永久性重组近交系群体 (F8代) , 该群体由四川省农科院作物研究所提供, 具体创建过程见汤永禄。多态性标记包括Xwmc、Xgwm、Cfa、Cfd和Xbarc等232个SSR分子标记。 1.2 基于生物特征的高信息点染色体构建 利用Mapmarker/Exp 3.0软件对上述作图群体进行遗传作图, 按照Mapmarker/Exp软件规定的格式制表, 与亲本川麦42条带相同的记为A, 与亲本川农16条带相同的记为B, 杂合的、模糊不清等记为“-”, 按照Stephen E. Lincoln推荐的方法, 将triple error detection设为on, 用Informativeness criteria 4 125定义高信息量标准, 用suggest subset 6 50产生高信息量子集, 依据小麦的染色体组, 用make chromosome命令定义21条染色体, 在高信息量子集中各选2～3个高信息量标记分别anchor在21条染色体上, 执行two point命令, 结果为后续分析所用, 在max distance为50条件下, LOD值分别为7、6、5、4、3 (默认值) 将其余标记分别assign到21条染色体上, 凡显示conflict的标记, 用attach命令捆绑在LOD值较大的染色体上, 小于等于7个标记的连锁群直接用compare命令排序, 大于7个标记的连锁群用order命令反复排序, 再用ripple命令对相邻5个标记反复比较、梳理, 对明显聚集大量标记的连锁群用稍微严谨的LOD值再次分组, 对unassigned的标记用group 350分组, 用kosambi函数将重组值转换成图距单位 (cM) , 用framework命令构建染色体框架并计算图距, 最后用MapDraw绘制连锁图谱。 1.3 u3000高信息分子中ndna的生成 用Informativeness criteria 4100定义高信息量标准, 用suggest subset 430产生高信息量子集, 用make chromosome命令定义21条染色体, 各选2～3个高信息量标记分别anchor在21条染色体上, 在LOD值为3的条件下, 将max distance设置为60、50 (默认) 、30、20、15、10分别assign到21条染色体上。 1.4 assiag建模 用Informativeness criteria 4115定义高信息量, suggest subset 730产生高信息量子集, 将剩余标记assign 330到各染色体上。对7到9个标记的连锁群分别用3种方法排序:①选5个基因型值较大的标记, 先用compare命令排序, 然后用try命令把剩余的标记插入 (每次插入1～2个标记) ;②直接用compare命令排序;③直接用order命令排序, 用ripple命令反复比较、梳理。 2 结果与分析 2.1 标记的密度和标记数 选定所有的标记, 将未anchor在染色体上的标记assign到所有染色体上, 不同的LOD值, 结果如表1。