根际来源铜绿假单胞菌生防株M18全基因组与温度依赖转录组的比较分析研究的中期报告.docxVIP

根际来源铜绿假单胞菌生防株M18全基因组与温度依赖转录组的比较分析研究的中期报告 本研究旨在探究根际来源铜绿假单胞菌生防株M18在不同温度下的基因表达变化及其对生长、代谢和致病性的影响。在前期研究中，我们完成了M18菌株的全基因组测序和拼接，并对其功能基因组进行了注释和功能分析。本中期报告主要介绍了M18菌株在20℃和30℃下的转录组测序结果及基因表达差异分析。 使用Illumina HiSeq平台对M18菌株在20℃和30℃下的RNA-Seq测序，获得了逾2000万条高质量序列，总测序数据量约为6Gb。对测序数据进行质量控制和去除低质量序列后，采用Bowtie2软件将序列比对到M18菌株基因组，获得了逾80%的比对率。随后，使用Tophat和Cufflinks软件对比对结果进行转录本拼接和组装，得到了包括2651个基因在内的转录本集合。 通过对RNA-Seq数据进行比较分析，我们发现在20℃和30℃下约有400个基因表达差异显著。其中，有86个基因在20℃下显著上调，而在30℃下下调，包括多个与热休克蛋白相关的基因。此外，根据KEGG代谢通路分析，我们发现在20℃和30℃下，M18菌株在能量代谢、氮代谢、氨基酸代谢和二十碳五烯酸代谢等方面有较大差异。 综上，这些发现表明温度对M18菌株的生长、代谢和致病性具有显著影响，并提示M18菌株在不同温度下调整多种代谢通路和表达热休克蛋白等