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基于序列联配的高效可变剪接模式搜索算法和软件的中期报告 本中期报告旨在介绍基于序列联配（sequence-graph-based）的高效可变剪接模式搜索算法和软件的进展情况。 在已有的可变剪接研究中，大多数方法都是基于序列比对和转录本注释的。这些方法无法处理具有复杂可变剪接形式的转录本，因此存在一定的误差和局限性。相比之下，基于序列联配（sequence-graph-based）的方法可以更好地模拟真实的可变剪接事件，并能够高效地搜索复杂的可变剪接模式。 基于序列联配的可变剪接模式搜索算法将转录本表示为一个类似于有向无环图的数据结构，其中节点表示外显子或内含子，边表示它们之间的关系。在此基础上，我们设计了一套高效的搜索算法，可以从序列联配图中找到复杂的可变剪接模式。 在项目的前期，我们实现了一个序列联配图的构建工具，并对其进行了优化。我们还设计并实现了一个高效的可变剪接模式搜索算法，并以此为基础实现了一个软件工具。该工具在肿瘤转录本数据集上进行了测试和评估，并展示了优于目前主流软件工具的性能和准确性。 在项目的中期，我们主要集中于优化算法的性能。具体来说，我们采用了多种优化策略，如剪枝、并行化和预处理等，以提高算法的效率和速度。此外，我们还开发了一套可视化工具，以展示搜索结果和分析可变剪接图的结构和性质。我们还计划在接下来的阶段中对软件工具进行更全面和深入的测试，并将其与当前主流的可变剪接软件进行比较。 目前，我们的项目已经完成了大部分的算法设计和实现，也取得了一定的研究成果。然而，我们仍需要进一步完善工具的功能和性能，以满足更广泛的可变剪接数据分析需求。在接下来的研究中，我们将继续改进和优化算法和软件工具，以实现更好的可变剪接模式搜索和数据分析能力。