二代测序技术在肿瘤精准医学诊断中的应用专家共识.pdfVIP

⼆代测序技术在肿瘤精准医学诊断中的应⽤专家共识 作者 中国临床肿瘤学会肿瘤标志 专家委员会 中国肿瘤驱动基因分析联盟 ⼆代测序(NGS)⼜称⼤规模平⾏测序，能够同时对上百万甚⾄数⼗亿个DNA分⼦进⾏测序，实现了⼤规模、⾼通量测序 的⽬标，是继Sanger测序之后的⾰命性进步。⽬前在临床肿瘤实践中，NGS主要应⽤于驱动基因测序，是肿瘤精准诊 疗的重要环节。中国临床肿瘤学会于2015年9⽉17 ⽇在厦门市召集了我国具有代表性的肿瘤学专家、病理及分⼦⽣ 学 专家及NGS技术专家，成⽴了中国肿瘤驱动基因分析联盟(CAGC)并启动了精准肿瘤学研究项⽬(CAGC －POI)，确⽴了 整体项⽬的组织框架和内容框架。CAGC －POI计划第⼀阶段拟在初步建⽴NGS技术临床应⽤共识的基础上，在肺癌、 乳腺癌、肝癌、胃癌、结直肠癌、造⾎系统肿瘤等恶性疾病开展以NGS技术为主的驱动基因谱分析。在上述共识建⽴、 主要6个瘤种的变异谱分析验证、优化流程的基础上，将在携带有临床可靶向作⽤驱动基因的患者中，开展相应的靶向 精准诊治的实践与试验研究。最终提出适合我国临床肿瘤学实践的NGS技术标准和规范，提⾼为肿瘤患者服务的质量和 能⼒。 NGS有明显的通量优势及发现未知基因变异的优势，但是在使⽤中也存在包括检测技术、数据管理、分析与报告、解读 与临床咨询等⽅⾯的各种挑战。在我国基因检测已经成为临床精准诊治的前提，但缺乏统⼀的关于NGS的应⽤共识。在 未来，肿瘤临床实践中甚⾄可能需针对外显⼦组、转录组、全基因组、表观遗传组的信息分析和应⽤。可以预见的 是，NGS⾼通量技术将会在检测技术、分析内容、解读等⽅⾯⼀直产⽣变化，也会带来在实践应⽤中的各种挑战。 2017年，在美国来⾃商业公司与学术机构的医学NGS服务得到美国⾷品药品监督管理局(FDA)的认可，提⽰NGS 已正 式进⼊临床实践应⽤，同时对NGS各种医学服务的审核进度在加快[1]。 在我国现阶段，肿瘤患者数⽬庞⼤，驱动基因诊断和检测应⽤需求巨⼤。但在实际应⽤中会因为检测技术的准⼊门槛 低、缺乏临床公认的NGS指导规范，肿瘤诊治中可能存在检测质量低下、结果准确性差，检测结果解读不专业，甚⾄盲 ⽬追求基因检测结果的现象。因此，我国肿瘤学界亟需对当前NGS在临床合理规范的使⽤进⾏充分讨论，形成共识予以 发布，以指导我国临床肿瘤诊疗中的规范应⽤。 本技术共识阐述了NGS技术质量需求、临床肿瘤相关NGS检测内容、样本处理、测序流程、数据管理、信息学分析、 结果报告解释和咨询等多个⽅⾯的内容。本共识也对患者知情同意、测试项⽬的质控、研究与诊断的应⽤差别等内容进 ⾏了说明。⽂中的声明是专家组讨论的各个要点，也即专家组形成的共识或推荐。 ⼀、NGS在临床肿瘤诊断中的质量需求[2,3,4,5] NGS技术正处于不断的发展和完善过程中，需对NGS技术现状有正确的认识。在过去⼗年肿瘤学界的研究和应⽤显 ⽰：在恰当的技术条件下，NGS确实能够⾼通量地检测分析肿瘤中的驱动基因变异或治疗性靶点，给部分患者带来治疗 和⽣存的获益。 在临床实践中各实验室可能有不同的NGS技术平台。⽆论使⽤何种平台，各实验室均应按照本共识中的推荐(声明)开展 NGS项⽬测试，对平台及相关分析⼯具进⾏验证后才应⽤于临床。 针对肿瘤的多基因检测，需设计特定的NGS测试项⽬。这些项⽬的检测结果应能够明确回答临床诊疗所需的基因状态。 需明确指出的是，应避免分析技术能⼒尚未得到充分验证的NGS项⽬在临床应⽤。 声明1：临床肿瘤诊断应⽤的NGS项⽬应符合相应的诊断技术标准 未进⾏充分分析和临床验证的NGS技术不应在临床实践的驱动基因诊断中应⽤。相关实验室应明确能够提供的检测项⽬ 的内容范围和相关技术参数。 NGS⽤于临床肿瘤分⼦诊断能够带来明确的益处。NGS技术优势：⼀次性、特定时间(约10个⼯作⽇)产⽣覆盖基因组特 定区域(从数个基因到数百个基因以⾄外显⼦组、转录组或全基因组)的通量数据，同步获得多基因、多位点、多种变异 形式的分⼦检测结果。尽管⽬前NGS的多基因多重分析总成本较⾼，但相对于传统检测⽅法⽽⾔，单个基因单个位点的 检测费⽤已⼤⼤下降。 检测费⽤已⼤⼤下降。 影响NGS结果的限制性因素包括：平台类别、靶区域富集⽅法、⽂库构建及扩增效率、测序数据量、⽣ 信息学分析流 程等。在临床应⽤之前，对于特定突变位点的NGS检测结果在低质量数据条件下应采⽤其他⽅法进⾏结果验证。检测实 验室的专家、肿瘤患者的主诊医师与患者应就开展肿瘤NGS分析