经产母猪和卵巢早衰(PGF)母猪垂体差异基因的筛选与鉴定的中期报告.docx

经产母猪和卵巢早衰(PGF)母猪垂体差异基因的筛选与鉴定的中期报告 本研究旨在寻找经产母猪和卵巢早衰(PGF)母猪垂体差异基因，并加以鉴定。目前研究已完成了中期报告，以下是研究的进展情况： 1. 采集样本：选择了经产母猪和卵巢早衰(PGF)母猪的垂体组织作为研究对象。经产母猪共采集了30个样本，卵巢早衰(PGF)母猪共采集了30个样本。 2. 提取RNA：按照标准操作方案，从采集的垂体组织样本中提取出RNA，并使用NanoDrop ND-1000光度计进行纯度浓度测定。 3. 质量控制：使用Agilent 2100生化分析仪对RNA样本进行质量控制。 4. 建立文库：将RNA样本反转录成cDNA，并使用Illumina TruSeq RNA Sample Prep Kit建立测序文库。 5. 基因测序：使用Illumina Hiseq 2000测序平台进行高通量基因测序。 6. 数据处理：使用Trimmomatic软件对测序数据进行去除接头、切除序列末端低质量区域和过滤掉长度小于35bp的reads。然后使用TopHat算法将clean reads比对到参考基因组上，得到bam文件，并使用Cufflinks进行拼接和定量分析。 7. 差异基因筛选：使用Cuffdiff算法对经产母猪和卵巢早衰(PGF)母猪的垂体组织样本进行差异表达基因筛选。 目前研究已完成上述步骤，初步发现了一些差异表达基因，需要进一步验证和鉴定。接下来的工作将着重于基因的筛选和鉴定，以及差异基因的进一步功能研究。