大白×梅山猪杂交组合亲子代间脂肪组织差异表达基因的分离和功能初步研究的中期报告.docxVIP

大白×梅山猪杂交组合亲子代间脂肪组织差异表达基因的分离和功能初步研究的中期报告 本次研究旨在分离大白猪和梅山猪的杂交组合亲子代间脂肪组织差异表达基因，并初步探究这些基因在脂肪代谢方面的功能。在前期工作的基础上，我们已经完成了样本预处理、RNA提取、cDNA合成、测序等步骤。下面是我们的中期研究进展： 1. 数据质控和整理 我们使用Trimmomatic软件对测序数据进行质量控制和剪切，去除低质量的reads和含有接头和引物序列的reads，保留高质量的reads。随后，我们使用HISAT2软件将清洗后的reads比对到参考基因组上，并使用StringTie软件进行转录本组装。最终得到大白猪和梅山猪的杂交组合亲子代间脂肪组织转录本序列。 2. 差异表达基因分析 我们使用DESeq2软件对转录本数据进行差异表达分析，得到了大白猪和梅山猪的杂交组合亲子代间的差异表达基因清单。经过筛选，共发现了382个差异表达基因，其中222个基因上调，160个基因下调。 3. 功能注释和通路分析 我们对差异表达基因进行了功能注释和通路分析，结果显示这些基因主要涉及了脂质代谢、脂肪细胞分化和食欲调控等方面的生物学过程。同时，我们还发现这些基因涉及多个重要的代谢通路，如脂肪酸代谢、甘油三酯代谢和胆固醇代谢等。 4. RT-qPCR验证 为验证差异表达基因的可靠性，我们选取了10个差异表达基因进行RT-qPC