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基于GPU的近似字符串匹配并行算法的研究的中期报告
近似字符串匹配是一种重要的计算机科学问题,对于实际应用中的文本处理、图像识别、数据压缩等方面有着广泛的应用。近年来,由于GPU并行计算的高效能和计算速度快等特点,越来越多的近似字符串匹配算法被改进和实现在GPU上,以获得更好的性能。
本研究采用GPU实现了一种基于概率桶模型的近似字符串匹配算法,该算法利用多个桶来矩阵化匹配模式串与文本串的匹配过程,通过将匹配过程映射到GPU上的并行计算来加速匹配过程。该算法采用的匹配模式串的方式为通过概率选择其中的若干个字符用于匹配文本串中的字符,这种方式比传统的动态规划和滑动窗口等方式更加高效和简单。同时,该算法还实现了多个概率桶模型组合的匹配方式,用于提高近似匹配的精确度。
为了验证该算法在GPU上的实现性能和准确性,我们进行了实验,并与已有的串行算法和GPU并行算法进行了比较。实验结果表明,该算法在匹配精确度和匹配速度方面均优于传统串行算法和其他GPU并行算法。其中,在长度不同的文本串和模式串的情况下,该算法的加速比约为3~10倍不等。我们还阐述了该算法的优化方向和未来研究方向,包括进一步优化GPU资源的利用和加强算法精度和准确率等方面。
整个研究工作是一个复杂系统,包括理论、算法、编程和实验等多个方面,需要不断探索和改进。在接下来的研究中,我们将继续完善算法设计和实现,并进一步优化GPU上的并行计算,以获得更高效的近似字符串匹配算法。
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