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常见系统发育软件使用方法 Xie Lei BJFU Paup MP 流程：Mac 准备nex文件（interleave和nonin terleave均可）一存入新建文件夹一拖入paup或 用 paup 打开一execute — log file — cstatus — tstatus — hsearch — define outgroup — roottrees — savetrees — describetrees —contree （save to file） —save pict —bootstrap （save tree file） —print bootstrap tree —save pict. —stop log. PC版操作，可将附录批处理文件容粘贴至 nex文件后面execute即可。 Paup ML 流程：Mac 准备nex文件（interleave和nonin terleave均可）一存入新建文件夹一拖入paup或 用paup打 开一execute —从modeltest软件中打开paupblock运算检测模型一生成score file —f开modeltest 中的bin读取score数据一生成结果文档一存档并打开此文档一AIC—将 begin paup的运算模块贴 全原nex数据文件后面一重新将其拖入paup运行一选择ML运算模式一hsearch 一打印树