生物信息学习题集 .pdfVIP

生物信息学课堂操作练习 一、生物信息学科的发展和研究内容 通过下列internet 上的自教课程，初步了解不同的数据库和分析工具 二、 生物数据库 1. 熟悉各种数据库。 2. 重点了解GenBank 和SWISS-PROT 所包含的各种功能和适用范围。 三、 关键词或词组为基础的数据库检索 1. 熟练掌握Entrez 检索体系。 2. 查找与水稻抗病基因Xa21 有关的资料 (1) 由多少碱基构成？编码多少个氨基酸？ (2) exon 和intron 的位置？ (3) 是否有3 －D structure 数据？ 1) 由多少碱基构成？编码多少个氨基酸? 4623b.p., 1025A.a.; 2) exon和intron 的位置? Exon: 24~2700,3543~3943 intron: remaining; 3) 是否有3 －D structure数据? 没有. 3. 查找C. elegans基因组的资料。 (1) chromosome I的测序是否已完成？ (2) 已知的chromosome I的序列有多少碱基？序列发表在哪份杂志上？期号和页码？ 1) chromosome I的测序是否已完成? 完成. 2) 已知的chromosome I的序列有多少碱基? 序列发表在哪份杂志上? 期号和页码? 15.0724Mb.p..p.), Science 1999 Jan 1;283(5398):35. 4. 查看人类基因组第1染色体上基因的分布。 ONVERBOSE=ONCHR=1 5. 查看Arabidopsis 的系谱树，以及Arabidopsis第1染色体上的序列。 比较Arabidopsis基因组的资料提供形式与人类基因组有什么不同 ( 貌似没什么区别…… 比较Arabidopsis基因组的资料提供形式与人类基因组有什么不同。 6. 与retrotransposon有关的文献资料有多少篇？ 5774, (在pubmed中直接查找关键词, 2009‐3‐28) 与rice retrotransposon有关的文献有多少篇？ 214, (在pubmed中直接查找关键词, 2009‐3‐28) 7 检索我校在2009年1月发表的被PubMed收录的科研论文 Huazhong Agricultural University,29 7. 熟悉SRS检索体系。 8. 熟悉DBGET检索体系。 四、 核苷酸和蛋白质序列为基础的数据库检索 1. 了解BLAST Frequently Asked Questions 的答案。 2. 以大麦Mlo 基因（Z83834 ）为查询序列 (1) 用Blastn 能检索到多少条与Mlo 同源的序列？ 与Mlo 同源的序列：共找到63 条与Mlo 同源的序列 (2) 在使用Blastn 检索中，如改变E value 的阈值，能检索到多少与Mlo 同源的 序列？ 将E value (Expect threshold) 由默认的10 改为1 时，仍有63 条同源序列。若将E 值改为5e-19 时可以找到61 条同源序列。 (3) 怎样去掉alignment 过程中出现的小写字母？ 这里所说的小写字母就是出现重复序列时被算法筛选后出现的n 。将Algorithm parameters 中的Filters and Masking 选项里的Low complexity regions 前的勾去掉 就可以去掉比对过程中出现的小写的n 。 (4) 用PSI －BLAST 检索到的与Mlo 蛋白同源的序列与用Blastp 检索到的同源序 列是否有差别？ PSI-BLAST 的特色是每次用profile 搜索数据库后再利用搜索的结果重新构建 profile ，然后用新的profile 再次搜索数据库，如此反复直至没有新的结果产生为 止。PSI-BLAST 先用带空位的BLAST 搜索数据库，将 获得的序列通过多序列 比对来构建第一个profile 。PSI-BLAST 自然地拓展了BLAST 方法，能寻找蛋白 质序列中的隐含模式，有研究表明这种方 法可以有效的找到很多序列差异较大 而结构功能相似的相关蛋白，甚至可以与一些结构比对方法，如 threading 相媲 美。PSI-BLAST 服务可以在 NCBI 的BLAST 主页上找到，还可以从NCBI 的 FTP 服务器上下载PSI-BLAST 的独立程序。首先得到Mlo 的蛋白质序列：