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基迪奥生物I专注科研服务
GENE DENOVO
调控关系可视化软件Cytoscape实
操演示
基迪奥培训组
，❷lW
专注科研服务
目录
•介绍
•基本操作
•导入数据
・调整样式
•选择过滤
•表达分析
2
专注科研服务
介绍
Cytoscape是由许多研究单位共同合作开发的一个开放源
码的生物信息分析软件。
http:〃 /
心心期
加州大学旧金山分校
Bruce Conklin 实验室
Memorial_Sloan-Kettering 癌症研究中心 Paste，研R飞验室
Chris Sander 实验室 Benno
3
专注科研服
介绍
• Cytoscape的核心即是网络。
•由两个要素构成：节点和
node
国二、a个V卡(node)代表一个■四♦詈口及
量金子；若V**京或0 (edge)明代公此
子司有攵星作周•
18一 ♦由中森(noae)及 V的展播(edge)
•威・第•即力Cyto$CQpeSM© :构•
专注科研
调控网络中的各个定义
• 点和边的定义已经介绍过；
• Degree (度)，又称为连通性(Connectivity),即
1个基因拥有的 (调控关系)的数量；
• 注：
1) WGCNA 中，连通性是各个边的相关系数(0-1
)之和；
2) cytocape软件中有1个定义--
Neighborhoodconnectivity指的是相邻基因连通性，
而木是这个基因本身；
• Hub gene：在1个调控网络中，位于中心的基因，
即连通性排名靠前的基因。
专注科研服务
介绍
•网络绘制的本质
网络关系本文数据（表） 网络关系图
「（ 1）网络关系数据（基
础）
点—— ——点关系
（2）网络属性数据（补
充描述）
点、边的名称，颜色
［方向二大小粗细等;
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专注科研服务
功能特性
•Supports Many Standards --支持多种输入格式
•Session File -可以保存工程文件
• Browsing -易于浏览
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