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实用文档 泛素的分子动力学模拟研究 生计11.3 2013年12月31日 研究目标 使用NAMD对泛素（1UBQ.pdb）进行MD模拟，使用VMD进行初步分析。 基本要求 使用水盒子，每个轴正负方向各延长7 ?； NPT（1 atm/1.01325 bar；298 K）； 周期边界条件、PME； 先固定蛋白质进行能量最小化（1000~2000步）和平衡（10000步），再放开所有原子，进行能量最小化（1000~2000步）和平衡，最后进行模拟（平衡+模拟步数至少20000步以上，50000~100000步会更好）。 使用VMD分析第二轮平衡和模拟过程中的RMSD变化，评估模拟何时达到平衡。 比较模拟后与模拟之前蛋白结构的差别，给出RMSD。 给出模拟过程中的一些重要数据，如蛋白质残基数、原子数、离子数、水分子数、总原子数、水盒子大小、计算机CPU型号、使用的namd软件版本、使用的线程数（相当于CPU数）及模拟速度； 完成实验报告，包括主要的研究步骤；包括主要的软件操作步骤（使用截屏即可）以及相应的说明；“表”要有序号（表1、表2等）和表头；“图”要有序号（图1、图2等）和图例。表和图在正文中要有引用；得出自己的结论。 三、材料和方法 1、下载泛素文件 去PDB官网首页搜索“1UBQ”,下载pdb文件（见 REF _Ref376288626 \h 图 1）。 2、去除水分