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- 2023-11-25 发布于四川
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本发明提供了一种基于低深度测序估算植物基因组大小和/或重复度的方法，属于植物分子生物技术领域。本发明选用内置Gurobi的RESPECT来拟合k‑mer频率分布结果，可从不高于5×的低深度测序数据获取植物基因组的大小和/或重复度，降低实验成本；通过组合BBMap中的BBDuk、BBMerge，可流程化质量过滤和合并双端测序数据；基于首轮迭代的结果得到第二轮迭代的起始的种子全基因组测序深度，设置梯度抽样，得到多梯度下的RESPECT计算的测序深度和估算的基因组大小，绘制曲线图，对4×深度以下的曲线
(19)国家知识产权局
(12)发明专利申请
(10)申请公布号 CN 117106875 A
(43)申请公布日 2023.11.24
(21)申请号 202311367837.5
(22)申请日 2023.10.23
(71)申请人 中国科学院昆明植物研究所
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