基于PacBio平台的黄颡鱼全长转录组测序及分析.pdf

第62卷第4期湖北农业科学Vol.62No.4

湖北农业科学2023年

2023年4月HubeiAgriculturalSciencesApr.，2023

王家琪，熊阳，韩庆庆，等.基于PacBio平台的黄颡鱼全长转录组测序及分析［J］.湖北农业科学，2023，62（4）：194-201．

基于PacBio平台的黄颡鱼全长转录组测序及分析

王家琪，熊阳，韩庆庆，皇培培，梅洁

（华中农业大学水产学院，武汉430070）

摘要：为进一步丰富黄颡鱼（Pelteobagrusfulvidraco）信息数据库，采用PacBio测序平台对黄颡鱼的肝脏、

肾、背部肌肉、脑、脾、心脏、皮肤、血液、鳃、性腺等组织进行全长转录组混样测序。共获得685574个全

长非嵌合（Full-lengthnon-chimericread，FLNC）序列，通过与黄颡鱼基因组比对分析，共获得72509个

非冗余isoforms，平均长度为2918bp。共鉴定到3169个LncRNA、45872个可变剪接事件、4881个基

因存在可变多聚腺苷酸化位点和304个融合基因。将12492个新基因与NR、GO、KEGG、KOG和

Swwassprot5个公共数据库进行比对，成功注释了7233个isoforms。GO分析发现，新基因主要集中于细

胞过程（Cellularprocess）、细胞组分（Cell）和结合功能（Binding）。KEGGpathway分析显示，新基因主要

在信号转导（Signaltransduction）和免疫系统（Immunesystem）信号通路中得到富集，此外，涉及黄颡鱼生

殖与繁殖相关的内分泌系统代谢途径包括催产素信号通路、雌二醇信号通路、孕酮介导的卵母细胞成

熟、促性腺激素释放激素信号通路和卵巢类固醇合成。

关键词：黄颡鱼（Pelteobagrusfulvidraco）；PacBio；全长转录组；可变剪接；信号通路

中图分类号：S917文献标识码：A

文章编号：0439-8114（2023）04-0194-08

DOI:10.14088/ki.issn0439-8114.2023.04.035开放科学（资源服务）标识码（OSID）：

Full-lengthtranscriptomesequencingandanalysisofyellowcatfishbasedonPacBioplatform

WANGJia-qi，XIONGYang，HANQing-qing，HUANGPei-pei，MEIJie

（CollegeofFisheries，HuazhongAgriculturalUniversity，Wuhan430070，China）

Abstract：Inordertofurtherenrichthegenomicinformationdatabaseofyellowcatfish（Pelteobagrusfulvidraco），thefull-lengthtran⁃

scriptomeofliver，kidney，muscle，brain，spleen，heart，skin，blood，gill，andgonadtissuesofyellowcatfishwassequencedusing

thePacBiosequelplatform.Atotalof685574full-lengthnon-chimericread（FLNC）sequenceswereobtained，and72509non-r