第三代测序技术及其在生物学领域的革新.pdfVIP

科技与创新IScienceandTechnologyInnovation{2021年第05期］

文章编号：2095-6835（2021）05-0034-06

第三代测序技术及其在生物学领域的革新

刘玉洁，胡海洋

(中国药科大学生命科学与技术学院，江苏南京211100)

摘要：核酸测序技术的诞生是生物医药领域具有里程碑意义的重大突破。以第二代测序为支柱的核酸测序技术

在历经十余年的发展与积淀之后，仍在各方面的应用中面临很多挑战。近年来，以第三代测序技术为核心的核酸

检测与诊断革新已在生物医药领域崭露头角。第三代测序技术可以实现兆碱基级别超长测序以及无扩增基因组修

饰检测，这一系列优势赋予其在传染性疾病的及时诊断、精准医疗、药物研发等领域广泛的应用前景。第三代测

序技术可以高效完成病原体的全基因组组装，进而实现病原微生物的全面检测和准确鉴定，此特点对于应对以新

型冠状病毒爆发为代表的紧急公共卫生事件至关重要。介绍第三代测序技术的发展、原理及其独特优势，重点阐

述第三代测序技术在病原微生物检测以及精准医疗领域的应用以及其在未来生物学领域的价值。

关键词：第三代测序技术；病原体检测；分子诊断；精准医疗

中图分类号：Q933文献标志码：ADOI：10.15913/ki.kjycx.2021.05.012

2005年，罗氏推出了第一个商业化的二代测序平台点，阐述目前拥有诸多优势的TGS在生物学领域的革新。

—454测序平台［1］,结束了以Sanger测序为主导的第一代1第三代测序技术的原理

测序时代闵。2008年，Solexa/Illumina测序平台和Applied1.1单分子实时测序

BiosystemsSOLiD测序平台紧随其后进入市场［3-4］。与Sanger如图1所示，SMRT测序技术需要使用双链DNA

测序相比，二代测序(second-generationsequencing,SGS)(double-strandDNA,dsDNA)制备文库问：将发夹结构的

技术可以在保证低成本的情况下，几天之内生成数十万至数衔接子连接到DNA分子的两端，形成SMRTbell的环化测

十亿个25-800bp的测序序列数据。凭借高通量的优势，序模板［7］。将测序文库加载到SMRT测序单元中，该单元包

SGS已经占据了大部分的测序市场。但SGS无法实现对含纳米级观察室零模式波导(ZeroModeWaveguides,

DNA准确、全面的直接测序，对天然DNA测序前处理的每ZMW)［8］。每个ZMW中的聚合酶引导荧光标记的核苷酸合

一个步骤都可能增加偏好和误差，进而导致测序结果出现错成待测DNA的互补链,ZMW底部的荧光监测装置实时记

误的风险；样本前期需要经过PCR进行逆转录和扩增，这录合成时的荧光信号,这些信号生成的测序数据称为连续长

一过程中GC含量较高的区域无法利用PCR实现高效扩增，读(continuouslongreads,CLR)［8］。在测序过程中可以实

加之测序序列读长仍较短,这一系列不足导致其无法实现全时检测核苷酸的掺入率,核苷酸掺入之间的时间称为脉冲间

基因组覆盖。此外，虽然短读长(shortreads)可以较为准持续时间(interpulseduration,IPD),这段时间的长短随

确地检测单核苷酸变异(single-nucleotidevariations,SNVs),DNA表观遗传修饰的出现发生变化［9］。在测序过程中，聚合

但难以检测和表征结构变异(structuralvariations,SVs)［5］o酶每次持有大约十二个核苷酸，因此单个核苷酸表