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第七讲差异表达基因分析

引言差异表达基因分析方法数据处理与质量控制差异表达基因筛选与鉴定功能注释与富集分析实验验证与应用前景contents目录

引言CATALOGUE01

这些差异可能是由于基因序列的变异、环境因素、实验条件等多种因素引起的。通过比较不同样本或不同条件下的基因表达谱，可以鉴定出差异表达基因。差异表达基因（DifferentiallyExpressedGenes，DEGs）指的是在相同或不同条件下，基因表达水平存在显著差异的基因。差异表达基因概念

通过分析差异表达基因，可以深入了解生物体在发育、分化、代谢等过程中的分子调控机制。揭示生物过程的分子机制差异表达基因可能与特定的生理状态或疾病过程相关，因此可以作为潜在的生物标志物用于疾病诊断、预后评估等。发现新的生物标志物通过分析差异表达基因，可以发现新的药物作用靶点，为药物研发提供新的思路和方法。为药物研发提供靶点差异表达基因分析有助于实现个体化诊断和治疗，提高医疗效果和生活质量。推动个性化医疗发展研究意义与目的

差异表达基因分析方法CATALOGUE02

基因组学技术基因芯片技术利用基因芯片检测样本中基因的表达水平，通过比较不同样本间的基因表达差异，筛选差异表达基因。高通量测序技术利用高通量测序技术对基因组进行测序，通过比对分析不同样本间的基因序列差异，鉴定差异表达基因。

利用高通量测序技术对转录组进行测序，通过比对分析不同样本间的转录本序列差异，筛选差异表达基因。RNA-seq技术利用微阵列技术检测样本中转录本的表达水平，通过比较不同样本间的转录本表达差异，鉴定差异表达基因。微阵列技术转录组学技术

利用蛋白质芯片检测样本中蛋白质的表达水平，通过比较不同样本间的蛋白质表达差异，筛选差异表达蛋白质。利用质谱技术对蛋白质进行鉴定和定量，通过比对分析不同样本间的蛋白质组成差异，鉴定差异表达蛋白质。蛋白质组学技术质谱技术蛋白质芯片技术

数据处理与质量控制CATALOGUE03

删除低质量、高噪音或不可靠的数据点，如低表达量的基因、批次效应等。去除低质量数据数据清洗数据转换对数据进行清洗，包括去除重复数据、处理缺失值和异常值等。对数据进行必要的转换，如对数转换、标准化等，以便于后续分析。030201数据预处理

数据质量评估通过一系列指标评估数据质量，如测序深度、基因覆盖度、测序质量等。批次效应检查检查并处理可能存在的批次效应，以确保数据的一致性和可比性。样本重复性检验对样本进行重复性检验，以评估实验的可靠性和稳定性。质量控制标准

消除由于测序深度、基因长度等因素引起的基因表达量差异。基因表达量归一化消除样本间由于实验条件、测序平台等因素引起的差异，使得不同样本之间具有可比性。样本间归一化将数据转换为标准正态分布，以便于后续统计分析。数据标准化数据归一化处理

差异表达基因筛选与鉴定CATALOGUE04

基于表达量的筛选通过比较不同样本或条件下基因的表达量，筛选出表达量显著差异的基因。基于统计学的筛选利用统计学方法，如t检验、方差分析等，对基因表达数据进行统计分析，筛选出具有统计学意义的差异表达基因。基于生物信息学的筛选结合生物信息学技术，如基因集富集分析、蛋白质互作网络分析等，对差异表达基因进行进一步筛选和鉴定。筛选方法介绍

03独立验证对筛选出的差异表达基因进行独立验证，如使用其他数据集或实验方法进行验证，以进一步确认结果的可靠性。01设定合理的筛选阈值通过设定合理的表达量变化倍数和统计学显著性水平等阈值，控制假阳性率。02多重检验校正采用多重检验校正方法，如Bonferroni校正、FDR校正等，对筛选结果进行校正，降低假阳性率。假阳性率控制

对筛选出的差异表达基因进行功能注释，了解其在生物学过程中的作用和功能。基因功能注释利用富集分析方法，如GO富集分析、KEGG富集分析等，对差异表达基因进行功能分类和富集，揭示其参与的生物学过程和通路。富集分析构建差异表达基因的蛋白质互作网络，分析其在网络中的位置和互作关系，进一步揭示其在生物学过程中的作用。互作网络分析鉴定结果解读

功能注释与富集分析CATALOGUE05

利用公共数据库（如GeneOntology、KEGG等）中的基因功能信息，对差异表达基因进行功能注释。基于数据库注释通过文本挖掘技术，从已发表的文献中提取与差异表达基因相关的功能信息。基于文献挖掘利用计算生物学方法，如序列比对、结构预测等，对差异表达基因进行功能注释。基于算法预测010203功能注释方法

123通过比较差异表达基因在某一功能类别中的比例与背景基因在该类别中的比例，判断该功能类别是否显著富集。超几何分布检验适用于小样本数据，通过计算差异表达基因与某一功能类别的关联程度，判断该功能类别是否显著富集。Fisher精确检验通过比较差异表达基因在某