基于生物信息学分析尼古丁暴露对大鼠和小鼠特定脑区基因表达的影响.pdf

摘要

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尼古丁被认为是烟草烟雾成瘾的主要成分。吸烟或被动吸烟每年引起约万人死

亡，已成为全球最大的公共健康问题。本研究利用基因组学对大鼠或小鼠尼古丁暴露特

定脑区的基因芯片或转录组数据进行分析，筛选了在尼古丁暴露过程中的差异基因，并

挖掘了尼古丁成瘾关键基因以及吸烟相关的潜在致病基因，对预防和治疗尼古丁成瘾以

及相关疾病具有重要意义。

GEOGeneExpressionOmnibusGSE

从（）数据库下载两个尼古丁暴露大鼠数据集

59895GSE47474GSE115188GSE117069R

和以及两个小鼠数据集和，应用软件分别

differentiallyexpressedgenesDEGsClu

筛选出尼古丁影响的差异表达基因（，），利用

sterProfilerDEGsGOKEGGSTRINGDEGs

包对进行和信号通路分析。应用对进行蛋

-protein-proteininteractionnetwork,PPInetworkC

白蛋白相互作用网络（）分析，并用

ytoscapeGSE47474WGCNAWeightedC

软件鉴定网络中的枢纽基因。同时，对进行（

orrelationNetworkAnalysis）分析，筛选与吸烟行为相关的基因。最后，挖掘与吸烟相

关的潜在致病基因。

通过一系列高通量数据分析，本研究发现：

1.尼古丁暴露对大鼠和小鼠不同脑区的影响存在较大差异。在大鼠和小鼠中分别鉴

4023132DEGsNAcIPNSTR

定出、个，差异基因主要分布在、和脑区，由差异基因数

目可推测小鼠脑区相对容易受到尼古丁作用影响以及尼古丁暴露主要影响中脑边缘多-

巴胺系统。

2.4316

比较发现，在大鼠和小鼠的差异基因中有个重叠基因，其中有个基因在多

Per2Dbp

个脑区中显著变化，尤其是和，说明这些基因容易受尼古丁影响而发生变化。

3.DEGsGOKEGGpathway

对进行和分析发现，在大鼠和小鼠尼古丁暴露后，脑

区内突触结构、电子传递链氧化磷酸化、昼夜节律、细胞增殖、神经元凋亡等生物学/

过程都有显著变化，涉及的通路主要有亨廷顿舞蹈病、阿尔茨海默症、MAPK信号通

路、胞吞作用、氧化磷酸化、核糖体、剪接体、蛋白酶体和RNA分解。

4.DEGsPPI10

通过对特定脑区的构建网络，确定了各自网络中的个枢纽基因，