基因结构及基因组学植物基因工程.pptVIP

NetGene2输出结果供体位点受体位点可信度相位第62页，课件共85页，创作于2023年2月mRNA剪接位点识别：SpideyNCBI开发的在线匹配程序用于mRNA序列同基因组序列比对分析/spidey第63页，课件共85页，创作于2023年2月Spidey同源序列的获得:序列比对通过BLAST进行序列比对，找到可能同源的相似性好的一系列mRNA序列。BLAST比对到的三条mRNA序列第64页，课件共85页，创作于2023年2月输入基因组序列或序列数据库号输入相似性序列判断用于分析的序列间的差异，并调整比对参数不受默认内含子长度限制。默认长度：内部内含子为35kb,末端内含子为100kb比对阈值选择物种输出格式选择第65页，课件共85页，创作于2023年2月*Spidey输出结果第一条蓝色序列为基因组序列，橘黄色为外显子外显子对应于基因组上的起始/结束位置外显子对应于mRNA/cDNA上的起始/结束位置供体、受体位点外显子长度一致性百分比错配和gap外显子序号序列联配结果第66页，课件共85页，创作于2023年2月可能的选择性剪切体GENSCAN与Spidey结果比较第67页，课件共85页，创作于2023年2月可变剪接（Alternativesplicing）分析可变剪接是调控基因表达的重要机制了解不同物种、细胞、发育阶段、环境压力下基因的调控表达机制第68页，课件共85页，创作于2023年2月可变剪接的类型第69页，课件共85页，创作于2023年2月*查询可变剪接相关的网站http://www.ebi.ac.uk/astd/main.html综合http://splicenest.molgen.mpg.de/综合/new_alt_exon_db2/综合.tw/.au/altExtron人/~kent/intronerator/altsplice.html线虫/tdb/e2k1/ath1/altsplicing/splicing_variations.shtml拟南芥从已知基因的功能推测剪接机制第70页，课件共85页，创作于2023年2月选择性剪接查询：ASTD数据库 http://www.ebi.ac.uk/astd/main.html输入基因名称选择物种类型第71页，课件共85页，创作于2023年2月ASTD数据库检索结果：基因描述信息导出序列文件第72页，课件共85页，创作于2023年2月*ASTD数据库检索结果：可变剪接的mRNA十一种选择性剪切产物第73页，课件共85页，创作于2023年2月*ASTD数据库检索结果：表达的组织特异性在不同组织中各种选择性剪接体的表达差异十一种不同的选择性剪接产物第74页，课件共85页，创作于2023年2月第四节基因表达调控第75页，课件共85页，创作于2023年2月一、原核生物和真核生物享有共同的基因表达调控基本规律（一）基因表达具有时空特异性（二）诱导表达和阻遏表达是基因表达调控的普遍方式（三）DNA/蛋白质的相互作用是基因表达调控的分子基础第76页，课件共85页，创作于2023年2月DNA/蛋白质的相互作用DNA双螺旋结构形成的大沟和小沟，特别是大沟，是调节蛋白与特定的DNA序列相互作用的结构基础。调节蛋白通常具有特殊的结构域或模序结构，通过DNA-蛋白质，蛋白质-蛋白质的相互作用，调节特异基因的表达。第77页，课件共85页，创作于2023年2月二、细菌基因操纵子的基本结构第78页，课件共85页，创作于2023年2月第79页，课件共85页，创作于2023年2月三、真核生物的基因表达调控与原核生物比较，真核生物的基因组更为复杂真核基因组比原核基因组大得多，大肠杆菌基因组约4×106bp，哺乳类基因组在109bp数量级，比细菌大千倍；大肠杆菌约有4000个基因，人则约有10万个基因。真核生物主要的遗传物质与组蛋白等构成染色质，被包裹在核膜内，核外还有遗传成分(如线粒体DNA等)，这就增加了基因表达调控的层次和复杂性。原核生物的基因组基本上是单倍体，而真核基因组是二倍体。细菌多数基因按功能相关成串排列，组成操纵元的基因表达调控的单元，转录出多顺反子(polycistron)的mRNA，真核生物则是一个结构基因转录生成一条mRNA，即mRNA是单顺反子(monocistron)。原核基因组的大部分序列都为基因编码，而哺乳类基因组中仅约10%的序列为蛋白质、rRNA、tRNA等编码，其余约90%的序列功能至今还不清楚。原核生物的基因为蛋白