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非编码RNA基因的鉴定与分析的任务书
任务概述:
本次任务的主要目标是鉴定和分析一些非编码RNA基因(lncRNA、miRNA、circRNA等)在生物学上的功能和作用机制。任务内容包括建立数据分析流程、获取生物实验数据、基因表达分析、生物信息学分析和生物功能验证等环节。
任务分解:
1.数据库查询及生物实验数据获取:通过查询公共数据库(如NCBI、ENSEMBL、GENECODE等)和文献,获取相关非编码RNA基因的信息,包括基因ID、表达谱、序列特征等。同时进行生物实验数据的获取,包括RNA测序数据、表达定量数据等。
2.建立分析流程:基于获得的数据,建立非编码RNA基因分析流程,包括质控、去除adapter、比对、组装、表达水平分析、差异表达分析、生物信息学分析等。
3.基因表达分析:将RNA序列数据比对到基因组上,使用常见的表达量统计方法计算基因表达量,包括FPKM、TPM等。根据表达量结果,进行差异表达分析,筛选出差异表达的非编码RNA基因。
4.生物信息学分析:基于差异表达的非编码RNA基因,进行丰富度、GO、KEGG及信号通路等富集分析。通过这些分析,研究非编码RNA基因在生物中的作用机制、功能等。
5.生物功能验证:针对生物信息学分析中发现的生物过程及通路启动实验验证非编码RNA基因的生物功能。
任务要求:
1.全面细致地鉴定和分析非编码RNA的特性和作用机制。
2.严谨的数据处理和分析能力。
3.优秀的编程能力及熟练使用常见生物信息学工具。
4.了解常见的实验验证技术和方法,能够学习并进行对应的实验设计和操作。
5.良好的团队协作精神和沟通能力。
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