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猪两条EST所在基因的克隆及其遗传效应分析的开题报告
一、研究背景及意义
EST(ExpressedSequenceTag)是由单次序列测定获得的短序列，通常长度为100-1000bp。EST序列能够反映出基因的表达情况，因此在生物学研究中具有重要作用。猪是我国重要的畜牧业物种之一，其基因组已经测序完成，但仍有很多基因缺乏表达信息。因此，克隆猪基因EST序列，有助于深入研究猪基因的表达调控机制，并为猪的育种和生产提供参考。
本研究旨在克隆猪基因EST序列，分析其遗传效应，为猪基因的表达调控机制提供参考，并为猪的育种和生产提供理论支持。
二、研究内容及方法
本研究选取猪基因组中的两个目标基因，采用RT-PCR技术克隆其EST序列。将克隆得到的EST序列进行测序分析，并利用BLAST比对数据库等工具对序列进行注释和分析。
为了研究EST序列的遗传效应，需要进行遗传关联分析。本研究将收集一定数量的猪个体样本，并利用基因芯片技术检测目标基因的表达量，建立遗传关联模型，并对遗传效应进行统计分析。
三、预期结果
通过克隆目标基因EST序列并进行遗传效应分析，本研究将得到以下预期结果：
1.成功克隆得到目标基因的EST序列，并对其进行多方面的注释和分析，为猪基因的表达调控机制提供参考。
2.建立遗传关联模型，并从多角度分析分析目标基因的遗传效应，为猪的育种和生产提供理论支持。
3.本研究结果有助于增加猪基因组和EST数据的完备性，丰富我国猪的遗传资源。
四、研究进度安排
1.前期准备阶段（1个月）：查阅文献资料、设计实验方案、购买试剂及材料。
2.克隆基因EST序列阶段（3个月）：提取RNA、反转录合成cDNA、PCR扩增、克隆、纯化、测序、分析。
3.基因芯片检测及遗传关联分析阶段（6个月）：样本采集、基因芯片检测、建立遗传关联模型、遗传效应分析。
4.数据统计及分析阶段（2个月）：对实验数据进行统计和分析，并撰写论文。
五、存在的问题及解决措施
1.本研究对样本数量的要求较高，需要高质量的样品和较多的样本才能有效进行遗传关联分析。解决措施：加强样品采集及存储管理，增加样本数量。
2.基因芯片检测技术需要高分辨率的数据分析处理，需要专业的技术和工具支持。解决措施：加强数据分析技术培训，增加专业软件和工具的购置。
六、参考文献
1.Du,Y.,Zhang,X.,Wang,S.,Cheng,L.,Zhao,Z.(2015).ExpressionsequencetaglibraryderivedfromperipheralbloodmononuclearcellsoftheChineseindigenouspig.GeneticsandMolecularResearch,14(2),4023-4033.
2.Kim,K.(2009).SinglenucleotidepolymorphismsandmRNAexpressionoftnf-alphaandtlr4genesincrossbredpigs(Mastersthesis).
3.Zhou,H.,Li,K.,Li,K.,Wu,K.,Zhong,T.(2012).Computerpredictionandexperimentalverificationofexpressedsequencetags(ESTs)ofChinesedomesticpig.JournalofAnimalScienceandBiotechnology,3(1),1-6.
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