随机扩增多态性DNA.pptxVIP

序列特异性扩增区（SCAR）SCAR（Sequencecharacterized?Amplified?Region）标记是Paran和Miehelmore(1993)提出的，首次在RAPD(randomamplifiedpolymorphicDNA)标记基础上转化并应用。发展该标记的初衷是为了提高RAPD标记在应用上的稳定性。其基本原理是将RAPD标记片段从凝胶上回收并进行克隆测序，根据其测得的序列结果设计一对特异引物，以此特异引物对基因组DNA进行再扩增，便可以得到能反映标记性状的特异DNA片段，这种经过转化的特异DNA分子标记成为SRAP。

序列特异性扩增区（SCAR）SCAR标记一般表现为扩增片段的有无，为一种显性标记；但有时也表现为长度的多态性，为共显性的标记。若待检DNA间的差异表现为扩增片段的有无，可直接在PCR反应管中加入溴化乙锭，通过在紫外灯下观察有无荧光来判断有无扩增产物，从而检测DNA间的差异，这样可省去电泳的步骤，使检测变得方便、快捷、可靠，可以快速检测大量个体。相对于RAPD标记，SCAR标记由于所用引物较长及引物序列与模板DNA完全互补，因此，可在严谨条件下进行扩增，结果稳定性好、可重复性强“”

SCAR标记转化失败的原因2序列相似或多拷贝基因组上许多DNA序列是多拷贝的，如果获得的标记是多拷贝，在SCAR标记转化过程中，原来的标记位点多态性在特异引物扩增后消失1引物设计不合适产生RAPD多态性位点发生在随机引物的退火区，当引物在3端加长后，加长的碱基有足够的同源性而克服了原来RAPD引物而不能完全匹配4其他原因SCAR标记表现为共显性，而且不同材料间扩增片段长度差异较小，在琼脂糖凝胶上可能检测不到差异回收的多态性片段中可能存在相同大小片段或存在邻近DNA片段污染3DNA甲基化原始标记具有的多态性在转化SCAR时多态性消失，而且不同材料扩增核苷酸序列完全相同，DNA甲基化，虽然基因表达调控发生变化，但核苷酸序列没有变化

RAPD（RandomAmplificationPolymorphicDNA），即随机扩增多态性DNA技术，是由美国科学家Wiliams和Welsh于1990年分别研究提出的，又称任意引物PCR。它是建立在PCR技术之上的一种分子标记方法，它是以一系列不同随机排列的寡聚核酸单链为引物，对于所研究的基因组DNA进行扩增，扩增产物通过聚丙烯酰氨凝胶或者琼脂糖凝胶电泳分析，经EB染色来检测扩增产物的多态性。随机扩增多态性ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）

ＲＡＰＤ分子标记的优点退火温度低，有较高的检出率分析所需的DNA样品量极少无需专门设计扩增反应引物仅加单个引物，扩增无特异性技术简便易行、省时省力

ＲＡＰＤ分子标记的缺点RAPD标记是一个显性标记，不能鉴别杂合子和纯合子存在共迁移问题，凝胶电泳只能分开不同长度DNA片段，而不能分开那些长度相同但碱基序列组成不同的DNA片段RAPD技术中影响因素很多，所以实验的稳定性和重复性差

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