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SPM中文手把手教程:多种数据转换的方法
更有进步和乐趣.写教程是最艰巨的工程,许多错误和遗漏,欢迎大家批评补充.
使用SPM进行数据处理前,必须先将其它档案格式转换成spm可以读取的Analyze档案格式,包含.img档和.hdr标头档,相关的转档软件有XMedCon和MRIcro.
1.利用AFNI数据转换
首先使用afni的三维数据重建:to3d-time:tz177202saltplus*生成+orig文件
然后:3dAFNItoAnalyze-4D-orientLPI*epi+orig
将生成*.hdr与*.img文件.(*代表你所用的任意文件名)
然后打开MRIcro软件:
选择要转换的hdr,img文件,processing,ok.
选择面板上部File--Saveas4dto3d---Saveasintel---Save(这里有点忘了:))
2.直接用MRIcro转换:(此部份转自核医学论坛)
1。点Import/convertforeigntoanalyze,在浮现的对话框中,numberoffiles为你的数据的总文件数,sliceincrement=1,volumeincrement=0,volumes为你的实验的volume数。填好后,先点design,后点select,然后选中你的数据的第一个文件。然后保存。
2。点file/open,打开刚才保存的img文件。
3。点file/saveas...[rotate/clip/format/4D-%26gt;3D],然后点击“saveintel”。即可
这样保存后的文件就可以被SPM处理了
MRIcro的Import-%26gt;Convert中的volume可以理解为完整头部像数目。在从GESigna1.5T中获得的fMRIDicom数据中,是1个slice存成一个dicomimage文件,因此,volume数,也就是整个dicomimage目录所包含的完整头部扫描图象数目,等于整个dicomimage目录下所有单个slicedicomimage文件除于实验时设置的slices数。
简单地说,一个fMRI实验,层数为16,获得512个slicedicomimage文件,则其volumes=512/16=32。
注:SPM的dicomimport是可以导入dicom文件,但导入的这些图象还是2D的,不是3D的,不能用于fMRI分析。要先把2D的slice重建成3D的volume,就可以用于fMRI分析了。MRIcro可以干这活:
先把3次BOLD的文件分别挪移到三个不同的文件夹里,然后用MRIcro挨次导入转换每一个目录的slicedicomfile成一个ANALYZE文件(4D的),再另存为多个img,hdr文件(4D-%26gt;3D),个数就是volume数,也就是目录下文件数除于层数。(这是针对从GESigna1.5T上刻录的光盘上的dicom格式数据来讲的,其它机器的数据存放方式可能有所不同,请相应具体分析)
3.使用XMedCon转换PET数据:
将有Brain影像的档案由MO片读出,档案格式为.v档转.
例如:Chang_10_9e2_de11.v_826420_49y
Chang_10_9e2_de11.v为档名,826420为病例号,49y为年龄.
使用XMedCon将.v档转为analyze档.
打开XMedCon:
选film打开open档案:
选择要转档的档案后,按OK:
浮现影像:
再选film并saveasanalyze:
储存於设定的资料夹后按OK:
按OK后,此时档案格式转为.hdr及.img
由刚储存的资料夹检视:档案转为.hd及.img
由matlab打开spm2:
首先打开matlab:
选择新档案存放的资料夹:
在CommandWindow键入:addpathD:statisticalactivationimages重叠於解剖影像anatomicalimage之上.
zhuzude溅出的水花儿:我的问题是,现在我们都用AFNI直接做配准,但是手工的活,对于新手来说是比较
辛
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