生物信息数据库的查询和搜索.pptVIP

按如下步骤操作。①进入美国国家生物技术信息中心(www.ncbi.nlm.nih.gov)。②单击下方的“BLAST”，进入BLAST程序选择页面。③单击“nucleotideblast”，进入搜索页面④在“Search”右边的空框中填入“ACGTTTGACCTTTACTTTCCC”；单击“BLAST”进入结果页面。5.3.2FASTAFASTA（FastAll的缩写）是可用于蛋白质序列与核酸序列快速相似性搜索的程序系列，在英国EBI网站上的FASTA系列主要包括fasta3,fastx/y3,tfastx/y3,fasts3,fastf3。这几个FASTA工具的作用是：1.fasta3是用一个待搜索的原DNA序列与DNA序列数据库中的序列进行比对，或者用一个待搜索的原蛋白质序列与蛋白质序列数据库的序列进行比对;2.fastx/y3是将一个待搜索的原DNA序列从左到右正向翻译成3种可能的蛋白质序列，再将这3个蛋白质序列分别与蛋白质序列数据库的序列进行比对；3.tfastx/y3是将DNA序列数据库中的每条序列都翻译成6种可能的蛋白质序列，再将待搜索的原蛋白质序列与翻译的蛋白质序列进行比对；4.fasts3是将有顺序的多肽片段与蛋白质序列数据库中的蛋白质序列比对；5.fastf3是将混合的不知顺序的多肽片段与蛋白质序列数据库中的蛋白质序列比对。例5.4用FASTA程序搜索DNA序列“gcaacccagaagaccgtggacggcccctccggtaagctgtggagggacggccgcggtgcc的相似序列。解：按如下步骤操作。①登录欧洲生物信息研究所网站(http：//www.ebi.ac.uk)。②单击网页下面的“SERVICE“”BYNAME(A-Z)”。③单击“FASTA[nucleotide]”,进入相似性搜索工具网页。④在”step2”下面的空框中填入“gcaacccagaagaccgtggacggcccctccggtaagctgtggagggacggccgcggtgcc”；单击“submit”进入提交搜索信息页面一段时间后,得到结果，点击”JOBID”即可进入结果网页。作业1.分别采用EBI和NCBI上的查询系统查询酵母、线虫、海胆、果蝇、小鼠、斑马鱼、拟南芥、非洲爪蟾、大肠杆菌九种模式生物的DNA序列。2.使用EBI和NCBI上的BLAST和FASTA系统进行序列相似性搜索（每人一段DNA序列，按学号排列），简单的说明比对结果。要求：1、6月9日12点以前将作业发送到li40mm@126.com2、附件文件名：**0526ACGTTTGACCTTTACTTTCCC第五章生物信息数据库简介生物信息数据库是非常重要的生物学资源，生物信息学许多内容都是围绕这些数据库发展起来的。要获得这些数据库中的相关资料就要通过查询、搜索过程。5.1生物信息数据库生物信意数据库的种类与数量越来越多，NucleicAcidsResearch2006年报道在该杂志介绍过的生物信息数据库有800多个。1.根据分子生物学研究的层次及实际应用可将这800多个数据库分为8类，即核酸序列数据库、蛋白质序列数据库、结构数据库、基因组数据库、蛋白组数据库、代谢组数据库、疾病数据库、药物与分子设计数据库、分析与记载方式数据库。2.根据数据的获得方式又可以分为一级库和二级库。一级数据库的数据都直接来源于实验获得的原始数据，只经过简单的归类整理和注释；二级数据库是在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定目标衍生而来，是对生物学知识和信息的进一步整理。国际上著名的一级核酸数据库有Genbank数据库、EMBL核酸库和DDBJ库等；蛋白质序列数据库有SWISS-PROT、PIR等；蛋白质结构库有PDB等。国际上二级生物学数据库非常多，它们因针对不同的研究内容和需要而各具特色，如人类基因组图谱库GDB、转录因子和结合位点库TRANSFAC、蛋白质结构家族分类库SCOP等等。此外，国际上许多生物信息中心建有生物信息学和基因组信息资源网络导航系统，其中美国OakRide国家实验室人类基因组信息资源导航系统和英国基因组图谱资源中心(HumanGenomeMappingResourceCentere，简称HGMP)的GenomeWeb所列网址最为详尽，搜集了世界各地基因组中心、基因组数据库、基因组图谱、基因组实验材料、基因突变、遗传疾病、以及生物技术公司、实验规程、网络教程、用户手册等几百个网址。5.1.1核酸序列数据库这类数据库包括联合国际核酸序列数据库,DNA特定位点数据库,R