金钟《生物医药与高性能计算》.pptx

;飓风一词源自加勒比海言语的恶魔Hurican，亦有说是玛雅人神话中创世众神的其中一位，就是雷暴与旋风之神Hurakan。;;算筹;算盘;纳皮尔筹;对数计算尺;帕斯卡加法器;莱布尼茨四则运算器;巴贝奇差分机;赫尔曼·霍勒瑞斯的制表机用于美国人口普查;霍勒瑞斯于1896年创建了制表机公司TMC公司，1911年，TMC与另外两家公司合并，成立了CTR公司。1924年，CTR公司改名为国际商业机器公司（InternationalBusinessMachinesCorporation），这就是赫赫有名的IBM公司。;Z系列计算机;机电式计算机Mark-I;第一台电子计算机ENIAC;约翰·冯·诺依曼;;;;超 级 计 算 机 有 多 强

每秒浮点操作数（FLOPS）;;计算器

10FLOPS;世界各国超算竞赛风起云涌;太湖之光1分钟，地球人32年;中国科学院七代高性能计算机;;齐头并进的并行计算;分子模拟;高性能计算可以用在什么地方？;高性能计算可以用在什么地方？;高性能计算可以用在什么地方？;高性能计算可以用在什么地方？;高性能计算可以用在什么地方？;高性能计算可以用在什么地方？;高性能计算可以用在什么地方？;;;被“算计”的天气;高性能天文模拟;数值模拟成功再现半人马A的形成;高温下生长的钛合金;让沙尘肆虐不再“未知”;风大的星系;虚时间对撞机;;;软件学习使用难度大

计算和数据分离计算资源不足

知识固化和传承难;生物医药应用服务社区;;生物信息（8）

药物靶标鉴定（11）

药物设计（31）;用超算工作流实现一键提交;;;神农尝百草;超级计算机与药物分子;超级计算机应用于药物发现;复杂生物分子模拟和新药筛选

动图;一把钥匙开一把锁;受体文件及结构;对接软件AutodockVina示例;高性能计算应用贯穿创新药物研发的整个过程;药物发现的典型计算挑战;个体化用药与创新药物研究;;;属于基于受体的药物设计方法，受体和药物分子之间通过空间匹配和能量匹配而相互识别形成分子复合物，并预测复合物结构的操作过程。整体上考虑配体与受体的结合效果，较好地避免局部作用较好、整体结合欠佳的情况。;;常见分子对接软件;分子对接计算的关键点;AutoDockVina是继Scripps实验室的Autodock4对接程序之后由OlegTrott等人推出的分子对接程序，使用新的基于???场的打分函数，预测准确率更高，支持并行化，更高效易用

它的使用方法和Autodock4类似，少了调用AutoGrid程序

（原Autodock4中需要用到）这一步

Vina是一个命令行程序，它可以和AutodockTools配合使用;;;命中化合物的后处理

通过计算分子的类药性质ADME/T（吸收Absorption、器官分布Distribution、体内代谢Metabolism、排泄Excretion和毒性Toxicity）性质的估算，排除那些不具有类药性质

的分子

可以利用经验规则如“五规则”等，快速排除那些不适合进一步药物开发的分子

仅对适合成药的化合物或购买、或合成、或分离得到，然后再进行实际的生物测试;;eMDbuilder简介

一款基于Web的蛋白质分子动力学模拟建模工具提供一个简便易用的网络界面完成

提供各操作步骤的引导式流程和可视化展示;eMDbuilder的安装

作为基于Web的应用，eMDbuilder无需安装任何客户端，用户可通过浏览器直接访问软件服务地址，但正确显示分子视图需要浏览器支持WebGL。;eMDbuilder的界面;;;选取片段;删除残基;选择单点突变;构建模型;溶剂化;模型下载;;泛基因组;自泛基因组概念首次提出到目前为止，应用主要在以下几个方面：;通常的原核生物泛基因组分析流程;