《计算生物学》课程教学大纲（生物科学专业2023版）.pdf

54.计算生物学

计算生物学0733042012

课程名称Computationalbiology课程代码02

课程属性学科基础课时/学分32

课程性质选修实践学时0

责任教师课外学时0

课程属性：公共基础/通识教育/学科基础/专业知识/工作技能，课程性质：必修、选修

一、课程介绍

1.课程描述：

计算生物学是一门理论性、工程性和实践性都很强的课程。它需要一定的生物学，

分子生物学、数学和计算机科学等学科的知识作为基础。本课程从数学模型在分子遗

传育种应用以及系统整体的概念出发，逐步深入地的各个数学模型解释生物学意义，

引导学生的分析方法。通过本课程的学习，学生在掌握基本理论的基础上，还需要通

过实践环节，锻炼并掌握分析、解决问题的能力，动手操作的能力。

Computationalbiologyisatheoretical,engineering,andpracticalcourse.Itrequiresthe

studentsandpractitionerstohaveprerequisitesofbiology,molecularbiology,mathematics,

andcomputerscience.Basedontheapplicationofmathematicalmodelsinthemolecular

biologyandsystembiology,thiscoursegraduallyexplainsthebiologicalsignificanceofeach

mathematicalmodelandguidestudentstomasterrelevantanalyticalmethods.Throughthe

studyofthiscourse,wehopestudentsnotonlycanmasterthebasictheory,butalsoimprove

theabilityofproblemsolvingskillandhands-onoperations.

2.设计思路：

本课程引导学生探讨和掌握生物信息学不同于计算模型和方法的基本理论知识和

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相关研究方法，理解计算生物学与水产学、海洋学、海洋生态学等多种学科的相互关

联。本课程根据研究内容，分为9个章节，划分为4个部分，分别对应计算生物学的

各个研究方向。第一部分包括第1章为计算生物学绪论,了解计算生物的概念；第二部

分包括第2～4章讲述计算生物学中的操作系统，包括Linux命令集合,Linux系统生物

计算分析实例；计算生物学中的常用的编程语言Perl和R,及其生物计算分析实例；第

三部分包括第5~7章讲述计算分子遗传育种中的全基因组关联分析和全基因组选择分

析,以及缺失基因型估计分析；第四部分讲述网络分析在基因表达网路和神经网络在生

物大数据分析中的应用。

3.课程与其他课程的关系：

本课程为生物科学相关专业本科生的选修专业基础课，要求学生已完成普通生物

学、遗传学的学习，具备较好的英语学习能力。除了课堂学习外，在课外需要阅读一

定的参考书和专业文献，以拓展视野，补充知识。

二、课程目标

通过本课程的学习，使学生掌握生物信息学中常用的计算方法的原理和提高数据

分析的能力，各种计算方法已应用于药物研究，分子遗传育种、疾病靶标和信息学分

析系统等，运用计算生物学研究在核酸序列中的遗传语言规律，模拟生命体内的信息

流过程，从而认识代谢、发育、进化等一系列