分子进化分析专家讲座.pptx

分子进化分析

AnalysisofMolecularEvolution;进化选择压力Ka/Ks;;ClustalW/X运行;目标序列;;在

C:\zcni\shixi1\Clustalx2

文件夹下，找到clustalx.exe

双击打开;ClustalX窗口;点击File下拉菜单中

Loadsequences选项，

打开序列文件xxxx.fasta.txt;打开后界面;可在Alignment下拉菜单中AlignmentParameters中设定各个参数;;点击进行多序列比对;比对结果

“*”、“:”、“.”和空格依次代表改位点序列一致性由高到低;MEGA5;MEGA5能够识别fasta格式文件

将

xxxx.fasta.txt

重命名为

xxxx.fasta;选择打开方式为MEGA5，打开17-RNASE1.fasta，自动跳出序列窗口

用ClustalW做多序列联配;ClustalW参数设置;多序列联配后结果;以.meg格式保留结果;回到MEGA主窗口

打开所保留文件（.meg）;点击按钮打开文件窗口;显示保守位点显示变异位点;回到MEGA主窗口构建进化树;选择Bootstrap检验;系统进化树构建方法;MEGA5内嵌五种系统进化树构建方法;NJ邻接法（neighbourjoining）;MP最大简约法（maximalparsimony）;ML最大似然法（maximallikelihood）;进化树可靠性分析;;;实例一：WRKY基因家族进化分析

PhylogeneticanalysesofWRKYgenefamily;1.WRKY是什么？;WRKY转录因子参加拟南芥天然免疫中促分裂原蛋白激酶级联路径

Asaietal..

Nature,415:977-983;3.WRKY有多少?;转录因子研究是前沿领域

WRKY不论在基因数量或功效方

面在高等植物转录因子中均处于

主要地位

因而WRKY是当前研究热点;4.研究WRKY什么？;1.全基因组分析水稻WRKY基因;序列比对

ClustalW

Boxshade

进化树构建

PHYLIP

Treeview;1.水稻WRKY基因家族分析;水稻WRKY结构域系统发生树;Ib;水稻WRKY转录因子WRKY域氨基酸序列比对（第二组）;水稻WRKY转录因子WRKY域氨基酸序列比对（第三组）;2.拟南芥WRKY基因家族分析;拟南芥WRKY蛋白质系统发生树;基因重排generearrangement;水稻和拟南芥WRKY基因数量比较

NumberofWRKYgenesfromRiceandArabidopsis

GroupsubgroupGeneNumber-

AtWRKYOsWRKY

I 3234

Ia 14 14

Ib 18 20

II 26 30

IIa 3 4

IIb 8 8

IIc 7 7

IId 8 11

III 14 36

IIIa 8 11

IIIb 6 25

Total 72 100;;水稻和拟南芥WRKY结构域系统发生树（第二组）;水稻和拟南芥WRKY结构域系统发生树（第三组）;WRKY域锌指模体结构模式(亚家族结构特点)Consensusstructureofzincfingermotif

Generalpattern:C-Xm-C-Xn-HXH/C

Group/Subgroup consensus excepti