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人类疾病网络
张媛媛
.12.20
2024-6-20
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人类疾病网络分析报告
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背景
在刻画人类疾病位点研究中，很多疾病基因位置克隆和全基因组关联研究，产生了疾病与基因关联对列表。
另外，蛋白质相互作用，人类代谢图谱和调控网络等都为不一样疾病基因间相互作用提供了一些细节描述。
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给出一个不一样方法，在细胞和有机体组织高水平上，探索人类遗传疾病和对应疾病基因是否能够彼此相关联。经过提供有多个基因引发疾病（基因座异质性）例子来支持这个方法有效性。比喻说，脑肝肾综合症是由最少11个基因变异引发，全部都与过氧化酶体生物发生相关。还有由一个基因不一样变异（等位基因异质性）疾病。比喻说，TP53变异被关联到11个临床上不一样癌症相关疾病。
经过发展一个全部遗传疾病（疾病表型组）和全部疾病基因（疾病基因组）关联框架，得到对疾病组学全局认识。
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结果和讨论
疾病组构建：
构建两个不相交顶点集二部图。一个集合对应全部已知遗传疾病，另一个集合对应人类基因组全部已知疾病基因。假如一个基因变异暗示了某种疾病发生，则疾病和基因相关联。
疾病、疾病基因和他们之间关系列表都是从OMIM取得。到年12月，包含了1284种疾病和1777个疾病基因。
我们基于被疾病所影响生理系统，将疾病分成22类疾病。
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由疾病组二部图能够产生两个相关生物网络投影。一个是人类疾病网络（HDN），顶点是疾病，当两个疾病共享最少一个疾病基因时，二者关联。另一个是疾病基因网络（DGN），顶点是疾病基因，当两个基因关联到同一疾病时，二者相连。
然后，我们讨论了这些网络对于帮助我们了解和代表全部已知疾病和表型关联框架潜力。
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HDN性质：
假如一个人类疾病有不一样而且唯一遗传原因，那么HDN对应是不连通孤立点。但，取得HDN包含了单个疾病间和疾病类间很多关联。1284个疾病中，867个最少一个边关联到其它疾病，516个疾病形成一个巨大类，暗示很多疾病同其它疾病是同享遗传原因。
一个疾病关联基因数目s有很宽分布，暗示大多数疾病关联到少数基因，极少疾病关联到很多基因。白血病s=37，结肠癌s=34等。HDN度分布也是幂律，结肠癌k=50
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灰色表示linearbinning；红色表示以2为底对数数据
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HDN有显著聚类现象，但在不一样疾病类之间有显著不一样。癌症类因为共享很多癌基因，所以紧密相连，而且还有很多疾病同癌症有强相关；代谢疾病没有显著形成一个不一样类。如图三
为了量化这种差异，我们衡量了每个疾病类基因座异质性和连通性（HDN中彼此连接一部分疾病）。如图四，红色代表较高显著性，蓝色代表较低显著性。发觉癌症有着较高异质性和连通性，而代谢类有较低异质性和连通性。
基因座异质性：指多于一个基因变异。用属于这个类疾病中基因平均数目（也就是节点平均大小）来衡量。一个类连通性：用在HDN中彼此相互关联一部分疾病来衡量
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DGN性质
基因间关联，代表了相关表型关联，他们代表了表型相关性衡量，这个能够用在未来研究中，同蛋白质相互作用、转录因子—开启子相互作用、代谢相互作用关联，发觉新遗传相互作用。
在DGN中，1377个疾病基因连接到其它基因，903个基因属于一个巨大类。如图五
包括各种疾病基因数目急剧降低。如图六
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HDN和DGN功效类
在保持疾病和基因度不变情况下，在二部图基础上随机化重连边，得到疾病网络最大类平均大小是643±16，远大于实际HDN中516。相同，基因网络最大类平均大小为1087±20，也远大于实际DGN中903（P10^(-4)）。
这些不一样显示了疾病和基因主要病理生理学类。在实际网络中，疾病（基因）更倾向于相同疾病类中疾病（基因）相连。
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疾病关联基因识别不一样功效模块
大多数疾病和疾病类对应细胞内网络中怎样不一样功效模块依然不清楚。
假设1：假如编码蛋白质疾病关联基因在功效不一样模块中相互作用，则在这些疾病模块
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