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高通量测序和个体化医疗

高通量测序和个体化医学专家讲座

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测序

测序是指经过专业分析工具测定物种细胞内DNA或RNA碱基排序过程。依据方法不一样，当前测序主要分为Sanger法测序和高通量测序。

Sanger法测序又称为一代测序，该方法利用一个特定DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上引物，经过掺入一个链终止核苷酸来完成测序。每一次序列测定由一套四个单独反应组成，每个反应含有全部四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP)，并混入有限量不一样碱基类型双脱氧核苷三磷酸(ddNTP)。因为ddNTP缺乏延伸所需要3-OH基团，从而使延长寡聚核苷酸选择性地终止延伸，终止点由反应中对应双脱氧而定。每一个dNTPs和ddNTPs相对浓度能够调整，使反应得到一组长几百至几千碱基链终止产物。它们含有共同起始点，但终止在不一样核苷酸上，可经过高分辨率变性凝胶电泳分离大小不一样片段，凝胶处理后可用X-光胶片放射自显影或非同位素标识进行检测。

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高通量测序高通量测序技术（High-throughputSequencing）是对传统Sanger测序（称为一代测序技术）革命性改变，因为该种方法能够一次同时对几十万到几百万条核酸分子进行序列测定，所以在有些文件中称其为下一代或二代测序技术(NextGenerationSequencing，NGS)，足见其划时代改变。同时，高通量测序使得对一个物种转录组和基因组进行细致全貌分析成为可能，所以又被称为深度测序(DeepSequencing)

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单细胞全基因组测序

1月《自然—方法学》（NatureMethods）上发表年度尤其报道，将“单细胞测序”（Singledoutforsequencing）应用列为最主要方法学进展。

单细胞全基因组测序技术是在单细胞水平对全基因组进行扩增与测序一项新技术。其原理是将分离单个细胞微量全基因组DNA进行扩增，取得高覆盖率完整基因组之后经过外显子捕捉进而高通量测序用于揭示细胞群体差异和细胞进化关系。它处理了用组织样本测序时或样本少无法处理细胞异质性难题。为从单核苷酸水平深入研究癌症发生、发展机制及其诊疗、治疗提供了新研究思绪并开辟了新研究方向。

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全基因组扩增技术主要分为两种类型：

一是基于热循环以PCR为基础扩增技术，如简并寡核苷酸引物PCR(DOP-PCR)、连接反应介导PCR(LM-PCR)、扩增前引物延伸反应(PEP)等；

二是基于等温反应不以PCR为基础扩增技术，如多重置换扩增(MDA)和基于引物酶全基因组扩增(pWGA)。

MDA（不以PCR为基础扩增技术）是当前公认最好单细胞基因组扩增技术，它能对全基因组进行高保真均匀扩增，扩增出10~100kb大小片段，能提供大量均一完整全基因组序列。不过MDA也有一些缺点，尤其是显著非特异扩增，往往空白对照样品也总是“无中生有”地产生大量DNA，另外就是依然存在序列偏差。另外，对测序得到大量数据结果专业分析也是一个重大挑战。单细胞全基因组测序正在从基础研究走向临床应用。

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个体化医疗

传统循证医学是结合临床医生个人实践经验和客观科学研究证据，对于症状相同病人使用相同剂量同种药品进行治疗，但治疗效果却千差万别。传统治疗方案显示，肿瘤无效率高达75%，糖尿病无效率43%，抑郁症无效率也有38%。人们逐步意识到大多数疾病发生是本身遗传密码和外界环境共同作用结果。精准医疗借助可监测遗传信息和环境信息，针对个体提供定制优化治疗方案，提升现有治疗水平，并尽可能在发病前就有望有效预防。

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第一步基因检测

从人类发觉DNA双螺旋结构，第一次窥探了生命体怎样继承和储存生物信息，到“人类基因组计划”宣告完成，再到高通量测序技术出现，正逐步开启“个人基因组”时代。个人基因组学是实现“精准医疗”一把利器，而“精准医疗计划”首先就是要完成一百万人基因组测序。癌症是基因组疾病，每个肿瘤都有自己独特基因图谱。精准医疗就是经过检测癌症患者基因信息，利用DNA测序技术确认造成患者患病基因或者受检者是否携带有肿瘤易感基因，来诊疗或治疗患者疾病。针对每位患者基因图谱，了解癌细胞内遗传改变，从而选择更有效治疗癌症方式。高通量测序含有较高精度以及可准确诊疗病患基因个体化差异，基因检测技术则在精度上更为准确，可测通量更多，使得基因测序不但是一个优异分子诊疗方法，而且是当前最适宜个体化诊疗方式。

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第二步建立基因数据库

首先，建立一个整合肿瘤遗传信息与肿瘤疗效数据信息平台，建立一个对科学家和临床医生一样适用