高表达UBE2B在食管癌中的临床意义及其与免疫浸润相关性.doc

高表达UBE2B在食管癌中的临床意义及其与免疫浸润相关性

食管癌是常见的胸部恶性肿瘤,包括食管鳞状细胞癌和腺癌。对可切除的食管癌病变,主要采用手术治疗[1],但仅靠手术切除并不能达到满意的疗效。数据显示,患者手术治疗后局部复发和远处转移的概率较高,手术后近5年的生存率仅为30%左右[2]。随着肿瘤免疫学研究的深入,免疫治疗已成为降低食管癌患者总体死亡率的有效手段。免疫治疗表现出特异性强、毒副作用小等优点,其可通过调节机体的特异性抗肿瘤免疫反应能力,起到消除肿瘤细胞扩散或转移的作用[3],寻找食管癌的免疫治疗靶点对于提高治疗效果和增加生存率有重要意义。

组蛋白泛素化在调节DNA修复系统之间的相互作用中起着重要作用。UBE2B是泛素结合酶,参与RAD18介导的H2B和增殖细胞核抗原(PNCA)的泛素化,通过激活DNA聚合酶的DNA损伤耐受性绕过DNA复制介导的单链断裂[4]。研究表明,UBE2B与多种肿瘤的发生发展密切相关。比如,UBE2B通过促进RAD18介导的ZMYM2单泛素化和稳定化促进食管癌生长[5]。在结直肠癌中,UBE2B的过度表达与术前患者的不良反应和低生存率有关[6]。UBE2B缺失通过抑制WNT/β-Catenin信号来破坏黑色素瘤表型的表达[7]。在三阴性乳腺癌中,UBE2B通过影响DNA跨损伤合成(translesionsynthesis)介导顺铂耐药[8]。但是关于UBE2B与食管癌的研究尚未明确。因此,本文运用生物信息学的方法,分析UBE2B对食管癌的作用,为食管癌治疗靶点的挖掘提供参考。

1材料与方法

1.1UBE2B在食管癌中的表达分析利用UALCAN(/index.html)工具中的TCGAGeneanalysis功能分析UBE2B在TCGA食管癌样本中的表达情况,UBE2B的表达量以TPM(transcriptpermillion)表示。

1.2UBE2B表达量与食管癌患者预后相关性分析通过PrognoScan(http://dna00.bio.kyutech.ac.jp/PrognoScan/index.html)分析GEO数据库中的GSE11595数据集高表达或低表达UBE2B与食管癌总体生存率相关性分析。利用GEPIA(/)分析工具UBE2B的表达量与TCGA样本中所有食管癌患者的总体生存率(OS)相关性。再通过Kaplan-MeierPlotter(/analysis)进行高表达或低表达UBE2B与食管腺癌或者鳞癌患者OS相关性分析。

1.3UBE2B在放化疗食管癌患者中的表达以及化疗敏感性分析食管癌患者术后放疗数据来自TCGA,通过cBioPortal(/)下载,利用非配对T检验进行分析。化疗敏感及耐药数据来自GEO公共数据库(/geo/)中的GSE13525数据集,下载提取UBE2B表达数据后进行非配对T检验分析。运用DepMap平台分析CCLE细胞数据库(/portal/)食管癌细胞系中UBE2B的基因效应(geneeffect)与常用的食管癌化疗药物敏感性的相关性[9]。

1.4UBE2B表达与食管癌免疫浸润相关性分析利用HPA数据库(/)中Immune菜单分析UBE2B在HPAdataset和Monacodataset两个免疫细胞数据集中的表达。利用TIMER(https://cistrome.shinyapps.io/timer/)分析UBE2B表达与食管癌免疫细胞浸润相关性,通过GEPIA在线工具验证UBE2B与中性粒细胞标志分子CD66B(CEACAM8)以及CD11B(ITGAM)以及免疫检查点(checkpoints)PD-1(PDCD1)、PD-L1(CD274)、CTLA4的相关性。

1.5抑制UBE2B的化合物及药物预测通过比较毒物基因组学数据库(ComparativeToxicogenomicsDatabase,CTDbase;/)预测抑制UBE2B的表达或活性的化合物及药物,然后通过cytoscape(/)进行可视化。

2结果

2.1UBE2B在食管癌组织中的表达通过UALCAN工具挖掘TCGA数据分析发现,UBE2B在食管癌中的表达显著高于正常食管组织(P0.05),见图1a。而且,亚洲人种的表达要显著高于高加索人种(P0.05),见图1b,食管癌的2、3、4分期要显著高于1期的(P0.05),见图1c;淋巴结转移的(N1、N2、N3)要显著高于无淋巴结转移(N0)的(P0.05),见图1d。

图1食管癌UBE2BmRNA表达分析

2.2UBE2B与食管癌患者生存预后相关性分析prognoscan分析GEO数据集GSE11595也显示,UBE2B高表达与患者的低总体生存率(OS)显著相关(P